若行政诉讼案件案卷中遗漏了原告代理律师的代理意见文书，可采取以下措施：

1. 及时与法院沟通
   首先，应立即联系案件承办法官或书记员，明确指出案卷中遗漏了代理意见文书，并请求法院予以补充或说明。在沟通过程中，需提供代理意见的提交时间、方式（如邮寄、电子邮件或当面提交）及相关证据（如邮寄凭证、电子邮件发送记录等），以证明代理意见已按时提交。

2. 提交补充材料
   若法院确认遗漏，可重新提交代理意见文书，并附上书面说明，解释此前提交的情况及遗漏原因。同时，建议提交代理意见的电子版（如PDF格式），以便法院存档和查阅。若代理意见涉及重要证据或法律依据，可一并提交相关材料，以增强代理意见的说服力。

3. 申请庭审笔录补正
   若代理意见已在庭审中口头陈述，但未被记录在庭审笔录中，可申请法院对庭审笔录进行补正。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，当事人有权要求补正庭审笔录中的遗漏或错误。申请时，需提供口头陈述的概要及依据，并请求法院将相关内容记入笔录。

4. 关注案件审理进度
   在补充材料或申请补正后，需密切关注案件审理进度，确保法院已将代理意见纳入审理范围。若法院未予回应或处理不当，可依法提出异议或申请复议，以维护自身合法权益。

5. 法律后果与应对
   若因案卷遗漏代理意见导致案件审理不利，可考虑在上诉或申请再审时提出该问题，作为程序瑕疵或证据遗漏的理由。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条，原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。因此，代理意见的遗漏可能构成程序瑕疵，影响案件公正审理。

建议：
为避免类似情况发生，建议在提交代理意见时，保留提交凭证（如邮寄回执、电子邮件发送记录等），并定期与法院沟通案件进展，确保材料完整、审理程序合法。若遇到问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业法律意见。