结论：第三人自愿提供履约保证金并将资金转入债权人账户，且约定债权人有权直接扣除，这一约定在符合法律规定和合同约定的前提下是合法的。

分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上，就合同的内容进行协商并达成一致。因此，如果第三人（作为保证人）与债权人之间就履约保证金的提供及扣除方式达成了明确的书面约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的。

2. 履约保证金的性质：

   • 履约保证金通常被视为一种担保方式，用于确保债务人能够按照合同约定履行其义务。当债务人未能履行义务时，债权人有权根据约定扣除保证金以弥补损失。在此情况下，第三人作为保证人，自愿提供资金作为履约保证金，并同意债权人在特定条件下直接扣除，这实际上是一种对债务人履约能力的额外保障。

3. 合法性的条件：

   • 书面约定：第三人与债权人之间的约定应当以书面形式存在，以明确双方的权利和义务。
   • 不违反法律强制性规定：约定内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则该约定将被视为无效。
   • 公平合理：约定的条款应当公平合理，不得显失公平或损害第三人的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 如果约定合法有效，且债务人未能按照合同约定履行义务，债权人有权根据约定直接扣除保证金。
   • 如果约定存在违法或显失公平的情况，第三人可以依法主张撤销或变更该约定，并可能要求债权人承担相应的法律责任。

建议：

• 明确约定：第三人与债权人在签订合同时，应当就履约保证金的提供、扣除方式及条件等事项进行明确约定，并确保约定内容合法、有效。
• 保留证据：双方应当妥善保管与履约保证金相关的所有书面材料和转账记录等证据，以备不时之需。
• 及时咨询：如果在合同履行过程中出现任何争议或问题，双方应当及时咨询专业律师，以便依法维护自己的合法权益。

特殊情况：

• 如果第三人提供的履约保证金超过了其应当承担的担保范围，或者债权人未经第三人同意擅自扣除保证金，那么第三人可以依法主张权利，要求债权人返还多扣的保证金或承担相应的法律责任。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。