结论：即便合同中注明了协商最终定价且有清单，但在特定情况下仍可能需要进行鉴定结算，这主要与合同实际履行情况、双方争议焦点以及法律规定有关。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定与实际履行的差异
合同约定：合同中注明的协商最终定价及清单，是双方在签订合同时对价格及事项的初步约定。然而，合同的实际履行过程中，可能会出现各种预料之外的情况，如工程量增减、材料价格波动、设计变更等，这些都可能导致实际成本与合同约定产生偏差。
实际履行情况：在合同履行过程中，如果双方对实际完成的工作量、质量标准或价格等存在争议，且无法通过协商解决，那么就需要通过鉴定结算来确定实际应支付的款项。鉴定结算可以依据实际完成的工作量、市场价格等因素，对合同价格进行合理调整。
二、双方争议焦点
争议产生：在合同履行过程中，双方可能对某些条款的理解或执行产生分歧，如对清单中的某项工作是否已完成、质量是否达标等存在争议。这些争议如果无法通过协商解决，就可能需要通过鉴定来明确事实。
鉴定作用：鉴定结算可以作为一种中立的、专业的手段，帮助双方明确争议焦点，提供客观、公正的证据，从而有助于解决争议。
三、法律规定与司法实践
法律规定：虽然合同中注明了协商最终定价及清单，但根据相关法律法规，如《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》等，如果双方在诉讼前未就工程价款达成结算协议，或者虽达成协议但存在重大误解、显失公平等情形，一方在诉讼中申请对工程造价进行鉴定的，人民法院可能会予以准许。
司法实践：在司法实践中，法院会根据案件的具体情况，综合考虑合同约定、实际履行情况、双方争议焦点以及法律规定等因素，来决定是否需要进行鉴定结算。如果法院认为鉴定结算有助于查明事实、解决争议，那么就会准许进行鉴定。
四、建议与注意事项
完善合同条款：为了避免合同履行过程中的争议，双方在签订合同时应尽可能完善合同条款，明确价格、质量标准、工程量等关键要素，并约定好争议解决方式。
及时沟通协商：在合同履行过程中，双方应保持及时沟通，对出现的问题及时协商解决，避免争议扩大化。
依法维权：如果双方无法通过协商解决争议，应依法通过诉讼或仲裁等方式维权。在此过程中，应积极配合法院或仲裁机构的调查和鉴定工作，以维护自身合法权益。
总结：合同中注明的协商最终定价及清单虽然重要，但在实际履行过程中仍可能出现需要鉴定结算的情况。这主要与合同实际履行情况、双方争议焦点以及法律规定有关。因此，在签订合同时应尽可能完善条款，在履行过程中保持及时沟通，并在出现争议时依法维权。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。