刑事案件档案一般由公安机关进行保管。以下是对这一问题的详细解释：
一、刑事案件档案的定义与性质
刑事案件档案，通常指的是犯罪分子被判刑后留下的存档记录，它详细记录了犯罪嫌疑人的犯罪事实、审判过程以及判决结果等信息。这些档案是公安机关在办理刑事案件过程中形成的，具有极高的法律价值和证据意义。
二、刑事案件档案的保管主体
公安机关：根据我国相关法律规定，刑事案件档案一般由公安机关进行保管。公安机关在办理刑事案件时，会收集、整理并保存与案件相关的所有材料和证据，形成完整的案件档案。这些档案在案件审结后，会由公安机关负责长期保存。
其他相关机关：虽然刑事案件档案主要由公安机关保管，但在某些特殊情况下，如涉及国家安全、重大社会影响等案件，相关档案可能会由更高级别的国家安全机关或司法机关进行保管或监督。不过，这种情况相对较少见。
三、刑事案件档案的查阅与使用
查阅权限：刑事案件档案属于机密文件，未经许可，任何人不得查阅。只有司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询时，才能依法查阅相关档案。
使用限制：即使获得查阅权限，相关单位和个人也必须严格遵守保密规定，不得泄露档案内容或用于非法目的。对于被封存的犯罪记录（如未成年人犯罪记录），更是严格限制查询和使用。
四、特殊情况下的档案处理
未成年人犯罪记录：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这意味着这些档案在一般情况下不会被公开或查询，以保护未成年人的隐私和未来发展。
行政拘留与刑事处罚的区别：需要明确的是，行政拘留并不属于刑事处罚，因此不会留下刑事案件档案。只有经法院判决并受到刑事处罚的人，才会在公安机关留下犯罪记录档案。
五、法律建议
保护个人隐私：对于个人而言，应妥善保护自己的隐私信息，避免泄露可能涉及刑事案件的敏感信息。
遵守法律法规：无论是个人还是单位，都应严格遵守国家法律法规，不得非法查阅、使用或泄露刑事案件档案。
寻求法律帮助：如果涉及刑事案件或需要查阅相关档案，建议寻求专业律师的帮助，以确保合法合规地进行操作。
如果您在刑事案件档案方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。