可以申请强制执行另外一方。在判决两公司分别还款的情况下，若其中一方已经履行了还款义务，而另一方未履行，您当然有权向法院申请强制执行未履行还款义务的那一方。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当一方当事人不履行法院生效判决所确定的义务时，另一方当事人有权向法院申请强制执行。这一规定同样适用于公司作为当事人的情况。因此，在判决两公司分别还款的案件中，若其中一方未履行还款义务，您有权依据生效判决向法院申请强制执行该方。

二、申请强制执行的流程

1. 准备申请材料：包括生效的法律文书（如判决书）、申请执行书、身份证明等。
2. 向法院提交申请：将准备好的申请材料提交至有管辖权的法院，通常是作出判决的法院。
3. 法院审查与立案：法院会对申请材料进行审查，符合条件的会予以立案，并通知申请执行人。
4. 执行措施的实施：法院立案后，会采取一系列执行措施，如查询、冻结、划拨被执行人的财产等，以强制被执行人履行还款义务。

三、可能面临的法律后果

1. 对被执行人的影响：若被执行人未履行还款义务，法院会采取强制执行措施，这可能会对被执行人的财产、信誉等造成负面影响。
2. 对申请执行人的保障：通过申请强制执行，申请执行人可以确保自己的合法权益得到实现，避免因被执行人未履行还款义务而遭受损失。

四、注意事项

1. 确保判决的生效性：在申请强制执行前，请确保判决已经生效，即判决已经送达双方当事人，且过了上诉期或上诉已被驳回。
2. 及时申请强制执行：一旦发现被执行人未履行还款义务，应及时向法院申请强制执行，以免因时间拖延而影响执行效果。
3. 配合法院的执行工作：在执行过程中，申请执行人应积极配合法院的工作，提供必要的协助和信息，以便法院更好地实施执行措施。

建议：在申请强制执行前，您可以先与未履行还款义务的公司进行沟通，尝试通过协商解决纠纷。若协商无果，再向法院申请强制执行。同时，在整个过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保障。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。