当遇到被告已经将欠款打到法院账户，但原告不接受的情况时，被告可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

一、保留还款证据

首先，被告需要保留好与还款相关的各类证据。这些证据包括但不限于：

1. 转账记录：清晰显示还款的金额和时间，是证明还款行为最直接、最有效的证据。
2. 聊天记录：如果双方在还款过程中有通过聊天软件进行沟通，那么聊天记录中可能包含还款的沟通内容，这也是重要的证据之一。
3. 通话录音：如果双方有通过电话进行沟通，并且通话内容涉及还款事宜，那么通话录音同样可以证明还款的意愿和行为。

二、考虑提存

若原告无正当理由拒绝受领款项，被告可以依据《民法典》的相关规定，考虑将款项进行提存。提存是指债务人将标的物提交给提存机关以消灭债务的制度。具体操作如下：

1. 选择提存机关：被告可以向公证机构等提存机关提出申请。
2. 提交提存申请：在申请中，被告需要说明提存的原因、金额以及提存物的相关信息。
3. 完成提存：提存机关在审核通过后，会接收被告提交的款项，并出具提存证明。

三、提存后的法律效果

自提存之日起，就视为被告已完成还款义务。这意味着：

1. 提存费用由原告承担：提存过程中产生的费用，如手续费等，应由原告承担。
2. 标的物毁损、灭失的风险转移：提存后，如果款项发生毁损或灭失，那么风险将由原告承担。
3. 原告可随时领取款项：原告可以随时到提存机关领取款项，但需要按照提存机关的规定办理相关手续。

四、实际案例参考

以小许和小李的案例为例：小许曾向小李借款5万元，借款到期后，小许准备还款并通过转账方式向小李还款，但小李却以各种理由拒绝接收。在这种情况下，小许可以保留转账记录、聊天记录等证据，并依据《民法典》的规定向公证机构等提存机关提出申请，将5万元款项提存。自提存之日起，就视为小许已履行还款义务。

综上所述，当遇到原告不接受还款的情况时，被告应保留好还款证据，并考虑将款项进行提存以维护自己的合法权益。