结论：关于在本省免的绿通过路费其他省份后期让补交是否合法的问题，这主要取决于各省的具体政策、收费规定以及是否存在相关的协议或合同。一般情况下，若没有明确的协议或合同规定，其他省份要求补交可能缺乏合法依据；但若存在特定协议或合同，则需按约定执行。以下从不同角度进行分析：

一、政策与规定角度

1. 各省政策差异：

   • 不同省份对于绿通车辆的收费政策可能存在差异。有些省份可能为了鼓励绿色出行或特定物资的运输，而给予绿通车辆过路费减免的优惠。
   • 若其他省份并未出台类似的减免政策，它们可能没有义务承认本省的减免决定，但这并不意味着它们可以直接要求补交费用。

2. 全国性政策：

   • 如果存在全国性的绿通车辆收费政策或规定，且该政策或规定明确规定了减免的范围和条件，那么各省份应遵守这一规定。
   • 在此情况下，若其他省份要求补交费用，可能违反了全国性政策或规定，因此这种要求可能缺乏合法依据。

二、协议与合同角度

1. 跨省协议：

   • 如果本省与其他省份之间存在关于绿通车辆过路费减免的跨省协议，那么双方应遵守协议中的规定。
   • 若协议中明确规定了减免的范围和期限，且未提及补交费用的情况，那么其他省份要求补交可能违反了协议约定。

2. 运输合同：

   • 如果绿通车辆与运输公司或货主之间签订了运输合同，且合同中明确规定了过路费的承担方式，那么双方应按合同约定执行。
   • 若合同中未提及补交费用的情况，且本省已给予减免，那么其他省份或相关方要求补交可能缺乏合同依据。

三、实际操作与建议

1. 核实政策与规定：

   • 建议您首先核实本省及其他省份关于绿通车辆过路费的具体政策和规定，以及是否存在相关的全国性政策或规定。

2. 查阅协议与合同：

   • 如果您或您的公司与其他省份或相关方签订了关于绿通车辆过路费的协议或合同，建议您查阅这些文件，以明确双方的权利和义务。

3. 沟通与协商：

   • 如果其他省份要求补交费用，且您认为这种要求缺乏合法依据或合同依据，建议您与相关方进行沟通与协商，寻求合理的解决方案。

4. 法律途径：

   • 如果沟通与协商无果，且您认为其他省份的要求确实违反了政策、规定或合同约定，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

最后，由于法律问题的复杂性和多样性，我建议您在遇到类似情况时，及时咨询专业律师（即直接向我咨询，我擅长刑事辩护、离婚、取保候审、合同纠纷、交通事故、经济纠纷、婚姻家庭等领域），以便获得更具体、更准确的法律建议。