当商品车在运输过程中受损时，保险公司的赔偿方式主要依据保险合同中的条款来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿基础与计算方式
赔偿基础：保险公司会以商品车受损前的市场价值为基础进行赔偿。这一价值通常反映了车辆在受损前的实际经济价值。
扣除免赔额：在赔偿时，保险公司会先扣除保险合同中约定的免赔额。免赔额是保险公司在赔偿前先扣除的部分，用于减少小额索赔和降低保险成本。
赔偿计算示例：假设商品车的市场价值为20万元，免赔额为1000元，实际损失为5万元。那么，保险公司的赔付金额将是5万元减去1000元免赔额，即4.9万元。
二、理赔材料与流程
保留理赔材料：为了确保理赔过程的真实性和公正性，您需要保留好事故证明、维修清单等理赔材料。这些材料是保险公司进行赔偿的依据。
理赔流程：在商品车受损后，您应及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提交理赔材料。保险公司会对材料进行审核，并在确认无误后进行赔偿。
三、法律纠纷处理
确定责任主体：如果商品车在运输过程中受损，首先需要确定责任主体。运输方可能因未尽妥善保管义务而承担责任。这需要根据过错原则来判断。
明确损失范围：对商品车的损坏情况进行评估，包括维修费用、贬值损失等。收集相关证据，如事故现场照片、维修清单、鉴定报告等。
协商与法律途径：如果保险公司对赔偿金额或责任认定有异议，您可以先与保险公司进行协商。如果协商不成，您可以考虑向消费者协会等第三方机构申请调解，或者依据相关证据和法律规定向有管辖权的法院提起民事诉讼。
四、相关法律依据
《民法典》相关规定：依据侵权责任编，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。如果商品车受损是由于他人的故意或重大过失造成的，受损方有权要求侵权人赔偿损失。
《消费者权益保护法》：如果商品车在销售过程中因商家原因导致受损，而商家未如实告知消费者，可能构成欺诈。消费者有权依据该法要求增加赔偿。
合同方面：如果基于合同关系（如运输合同），运输方对商品车负有安全运输义务。在运输过程中造成车辆受损的，运输方需按合同约定承担违约责任进行赔偿。
五、注意事项
不同险种差异：不同险种在商品车受损赔付上有不同规定。例如，车损险、第三者责任险等具体赔偿范围和额度都有差异。因此，在购买保险时，您需要仔细了解保险条款和保障范围。
定损环节异议处理：在定损环节，如果您对定损金额有异议，可以与保险公司进行沟通协商。如果协商不成，您可以考虑寻求第三方评估机构的帮助或者通过法律途径解决。
综上所述，当商品车在运输过程中受损时，保险公司的赔偿方式主要依据保险合同中的条款来进行。您需要保留好理赔材料，并按照保险公司的要求提交理赔申请。如果保险公司对赔偿金额或责任认定有异议，您可以通过协商或法律途径来维护自己的合法权益。