三方协议中的章子并不必须是公司的章，但需根据具体情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议的基本性质
三方协议，通常指的是由三个主体（如公司、个人、另一方机构或个人）共同签订的协议。这种协议在商业合作、项目合作、技术转让等多种场合中广泛应用。其核心在于明确三方之间的权利、义务和责任，确保合作的顺利进行。
二、章子的法律意义
在协议上加盖章子，通常被视为对协议内容的确认和接受，具有法律效力。章子可以是公司的公章、合同专用章，也可以是其他具有法律效力的印章，如部门章（在特定授权下）、项目章（在特定项目范围内）等。关键在于，加盖的章子是否代表了相关方的真实意愿，并且是否在相关方的授权范围内使用。
三、三方协议中章子的具体要求
公司章：
- 如果三方协议中的一方是公司，且该协议涉及公司的核心业务或重大利益，那么通常要求加盖公司的公章或合同专用章，以体现公司的正式确认和接受。
- 公司的公章或合同专用章具有最高的法律效力，能够代表公司的整体意愿。
非公司章：
- 在某些情况下，如果三方协议中的一方并非公司，或者虽然涉及公司但并非核心业务或重大利益，那么可能不需要加盖公司的公章或合同专用章。
- 例如，如果协议的一方是公司的某个部门或项目组，且该部门或项目组在特定范围内有独立的决策权，那么可能加盖部门章或项目章。但这种情况需要明确的授权和内部规定作为支持。
- 另外，如果协议涉及的是个人之间的合作或个人与公司之间的非核心业务合作，那么可能只需要个人签名或加盖个人名章即可。
四、法律建议
- 明确协议性质：在签订三方协议前，应明确协议的性质、目的和涉及的业务范围，以确定需要加盖何种章子。
- 获取授权：如果加盖非公司章（如部门章、项目章），应确保相关方有明确的授权，并在协议中注明授权范围和有效性。
- 法律审查：在签订协议前，建议进行法律审查，确保协议内容合法、合规，并明确各方的权利、义务和责任。
- 保留证据：在协议签订和履行过程中，应保留好相关证据，如协议文本、加盖章子的记录、授权文件等，以备不时之需。
如有任何关于三方协议或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。