若土地有合法手续但被人侵占，是可以进行登记发证的，但前提是需先解决土地侵占问题，确保土地权属清晰无争议。以下从不同角度为您详细分析：

一、土地登记发证的基本条件

土地登记发证是确认土地权属、保护土地权利人合法权益的重要法律手段。根据相关法律法规，进行土地登记发证需满足以下基本条件：

1. 土地权属清晰：即土地的所有权或使用权归属明确，无争议。
2. 手续完备：即申请人需提供完整的土地权属来源证明文件，如土地出让合同、土地转让协议、继承公证书等。
3. 符合规划：即土地的使用需符合当地土地利用总体规划和城乡规划。

二、土地被侵占对登记发证的影响

若您的土地有合法手续但被人侵占，这将对土地登记发证产生直接影响。因为土地权属存在争议时，土地管理部门将不予登记发证，以避免引发更大的法律纠纷。

三、解决土地侵占问题的途径

在土地被侵占的情况下，您需先解决土地侵占问题，确保土地权属清晰无争议后，再进行登记发证。解决土地侵占问题的途径主要包括：

1. 协商解决：与侵占人进行友好协商，达成和解协议，明确土地权属和使用权。
2. 行政调解：向当地土地管理部门或人民政府申请行政调解，由相关部门介入调解，促成双方达成和解。
3. 法律诉讼：若协商和行政调解均无法解决问题，您可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，法院将依法审理案件，作出公正判决，明确土地权属和使用权。

四、登记发证的具体流程

在解决土地侵占问题后，您可以按照以下流程进行土地登记发证：

1. 提交申请：向当地土地管理部门提交土地登记申请，并提供完整的土地权属来源证明文件。
2. 地籍调查：土地管理部门将组织地籍调查，核实土地权属、面积、四至等信息。
3. 公告公示：在地籍调查完成后，土地管理部门将进行公告公示，征求相关权利人的意见。
4. 审核批准：公告公示无异议后，土地管理部门将审核批准土地登记申请，并颁发土地证书。

五、法律建议

1. 及时维权：一旦发现土地被侵占，应尽快采取措施维权，避免权属争议持续存在。
2. 保留证据：在维权过程中，务必保留好相关证据，如土地权属证明、侵占现场照片、协商记录等，以备不时之需。
3. 寻求专业帮助：若对土地登记发证流程或法律问题存在疑问，可以向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。

若您的土地有合法手续但被人侵占，请先解决土地侵占问题，确保土地权属清晰无争议后，再进行登记发证。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。