结论：若被执行人担保责任因公司破产重整特别约定免除，可按以下流程申请结案。

核心前提：存在公司破产重整这一特定情境，且在破产重整过程中有特别约定免除被执行人的担保责任。

具体申请流程及要点：

1. 收集相关证据材料
   • 破产重整计划文件：要获取经法院裁定批准的公司破产重整计划，该计划中应明确包含免除被执行人担保责任的特别约定条款。这是证明担保责任得以免除的关键依据，因为法院裁定批准的重整计划具有法律效力，其中关于债务处理的安排对各方都有约束力。
   • 担保合同及相关文件：收集被执行人签订的担保合同，以及与该担保相关的其他文件，如担保登记证明等。这些文件可以明确被执行人原本承担的担保责任范围和内容，与重整计划中免除担保责任的约定形成对比，进一步证明担保责任已被合法免除。
   • 法院相关文书：如果有涉及该担保纠纷的前期诉讼文书，如起诉状、判决书等，也应一并收集。这些文书可以反映担保纠纷的起始情况和之前的法律认定，有助于完整呈现案件背景，为申请结案提供更充分的依据。
2. 向执行法院提交结案申请
   • 撰写结案申请书：在申请书中，要详细说明案件的基本情况，包括案件的案号、当事人信息、执行依据（如生效的判决书、调解书等）。重点阐述公司破产重整的情况，说明重整计划已经法院裁定批准，以及其中特别约定免除被执行人担保责任的具体内容。同时，要明确提出申请结案的请求，并说明申请结案的理由是基于破产重整计划中关于免除担保责任的约定。
   • 附上证据材料：将收集好的相关证据材料作为结案申请书的附件，一并提交给执行法院。确保证据材料的完整性和真实性，以便法院能够全面、准确地审查申请。
3. 配合法院审查
   • 法院审查内容：执行法院会对结案申请进行审查，主要审查破产重整计划的真实性、合法性，以及其中免除被执行人担保责任的约定是否符合法律规定和重整程序的要求。法院还会审查担保责任的免除是否会对其他债权人的利益造成不当损害等情况。
   • 配合调查与说明：在法院审查过程中，如果法院认为需要进一步了解情况或要求补充材料，被执行人应积极配合。按照法院的要求提供补充信息或材料，对法院提出的疑问进行清晰、准确的说明，以确保审查工作能够顺利进行。
4. 等待法院裁定
   • 裁定结果：经过审查后，执行法院会作出是否准予结案的裁定。如果法院认定破产重整计划中免除被执行人担保责任的约定合法有效，且符合结案条件，会裁定终结本案的执行，即结案。反之，如果法院认为存在不符合结案条件的情况，如破产重整程序存在瑕疵、免除担保责任的约定损害其他债权人利益等，会裁定驳回结案申请。
   • 后续处理：如果法院裁定准予结案，被执行人的担保责任在执行程序中得以免除，案件执行终结。如果法院裁定驳回结案申请，被执行人可以根据法院指出的理由，进一步补充证据或采取其他合法措施，再次向法院申请结案，或者考虑通过其他法律途径解决相关问题。

在整个申请结案过程中，要确保所有行为都符合法律规定和程序要求。如果有任何疑问或遇到复杂情况，可以直接向我咨询，我会凭借多领域法律实务经验为你提供清晰、详细、有深度的解答。