超过诉讼时效的判决书，一般而言，其对应的诉讼费在超过规定时间后是不能退还的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、一般规定
诉讼费的收取是为了确保诉讼程序能够顺利开展。在诉讼进程中，诉讼费的承担方式与金额依据案件的实际状况以及法律的规定来确定。如果当事人在规定时间内顺利完成诉讼程序，那么诉讼费会依照判决或者调解的结果来进行相应的处理。然而，若超过了规定时间，同时又未完成诉讼程序（如未按时缴纳诉讼费导致案件按撤诉处理，或判决书已生效但未在规定时间内申请退费等），通常情况下诉讼费是不会予以退还的。这是因为诉讼费一旦收取，就用于了诉讼程序的进行，包括法院的审理、判决等各个环节，超过规定时间后，再要求退费，不符合诉讼费收取的初衷和规定。
二、特殊情形
虽然一般规定下超过规定时间诉讼费不能退还，但也存在一些特殊情形。例如，由于法院方面的原因（如法院系统故障、工作人员失误等）致使诉讼程序被迫中止，或者当事人因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）无法按时完成诉讼程序，这时则可能会根据具体的情况来斟酌是否退还部分或者全部的诉讼费。但这种情况需要当事人提供充分的证据来证明其无法按时完成诉讼程序的原因并非自身过错，且该原因与诉讼费的退还存在直接关联。
三、实际操作建议
总结来看，超过诉讼时效的判决书，其对应的诉讼费在超过规定时间后一般不能退还。但存在特殊情形时，可能会根据具体情况斟酌是否退还部分或全部诉讼费。因此，当事人在诉讼过程中应密切关注诉讼程序的进展，了解退费规定，并保留好相关证据。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。