结论前置：
- 若助教合作协议中明确约定了从工资中抵押三千作为违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则该行为可能不直接构成违法，但需进一步审查具体条款的合法性与合理性。
- 若该约定违反了法律法规的强制性规定，如超过了法定违约金上限或侵犯了劳动者的基本权益，则该行为违法。
法律分析：
首先，我们需要明确的是，劳动合同（或合作协议）中的违约金条款并非完全禁止，但必须受到法律的严格限制。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形仅限于两种：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金；二是用人单位与劳动者在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
对于助教合作协议而言，如果台球厅与助教之间约定的是基于上述两种情形之外的违约金，且该违约金是从工资中直接扣除的，那么我们需要进一步审查该约定的合法性与合理性：
合法性审查：
- 违约金条款是否违反了法律法规的强制性规定？例如，是否超过了法定违约金的上限（虽然劳动合同法未直接规定上限，但违约金应当合理，不得过分高于造成的损失）。
- 违约金条款是否侵犯了劳动者的基本权益？如是否影响了劳动者的基本生活费用。
合理性审查：
- 违约金数额是否合理？是否与助教可能给台球厅造成的损失相当？
- 从工资中扣除违约金的方式是否合理？是否给助教造成了过大的经济压力？
具体建议：
对于助教：
- 仔细审查合作协议中的违约金条款，确保其合法性与合理性。
- 如果认为违约金条款不合法或不合理，可以与台球厅协商修改或解除该条款。
- 如果台球厅坚持从工资中扣除违约金，且助教认为该行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于台球厅：
- 在制定合作协议时，应确保违约金条款的合法性与合理性。
- 避免从工资中直接扣除过高的违约金，以免给助教造成过大的经济压力。
- 如果助教对违约金条款有异议，应积极与助教协商解决。
可能的法律后果：
- 如果违约金条款被认定为违法或不合理，台球厅可能需要退还已扣除的违约金，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 如果助教因违约金条款而遭受经济损失，台球厅还可能面临民事赔偿的责任。
总结与进一步思考：
在签订助教合作协议时，双方应充分协商并明确违约金条款的内容。台球厅应确保违约金条款的合法性与合理性，避免给助教造成过大的经济压力。助教也应仔细审查协议条款，确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。