结论：男方在婚姻期间有外遇并起诉离婚，法院是否判决离婚需综合考量感情是否确已破裂、调解是否有效、过错方的行为及悔改情况，以及证据是否充分等因素。若感情确已破裂且调解无效，一般会判离；若证据不足或情节较轻且有悔改表现，则可能不判离。
一、可能判离的情况
感情破裂认定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，若感情确已破裂，调解无效的，应准予离婚。男方有外遇，若达到“与他人同居”等法定严重程度，经调解无效后，法院会认定夫妻感情确已破裂，从而判决离婚。
- 举例：若男方长期与第三者保持不正当关系，甚至公开以夫妻名义同居，这明显构成了对婚姻的严重背叛，法院在调解无效的情况下，会判决离婚。
调解无效：
- 即使外遇行为未达到法定严重程度，但若双方无法就婚姻关系存续达成一致，矛盾无法调和，法院也可能综合考虑各种因素（包括外遇行为对夫妻关系的伤害）判决离婚。
- 举例：男方虽有短暂的情感出轨，但双方因此事频繁争吵，关系恶化，且无法通过调解达成和解，法院可能认为夫妻感情已无法修复，从而判决离婚。
无过错方权益保护：
- 无过错方在离婚时有权请求损害赔偿，这是法律对受害方的特殊保护。若男方有外遇，女方作为无过错方，在离婚时不仅可以要求分割财产，还可以要求男方给予损害赔偿。
二、可能不判离的情况
证据不足：
- 若女方主张男方有外遇但无法提供充分证据，法院可能无法认定男方存在过错行为。在此情况下，若男方坚决不同意离婚，法院可能会认为夫妻感情尚未完全破裂，从而判决不准离婚。
- 举例：女方仅凭猜测或道听途说认为男方有外遇，但无法提供聊天记录、照片等直接证据，法院可能无法支持女方的离婚请求。
情节较轻且有悔改表现：
- 男方虽有外遇行为，但情节较轻（如偶尔情感出轨），尚未发展到实质性关系。诉讼过程中，若男方表示认识到错误并有悔改决心和实际行动，同时女方未坚决要求离婚，法院可能从维护家庭稳定出发，判决不准离婚，给予双方修复关系的机会。
- 举例：男方在酒后一时冲动与他人发生了不正当关系，但事后深感愧疚，主动向女方道歉并承诺不再犯，同时女方也愿意给予男方一次机会，法院可能判决不准离婚。
三、财产分割问题
- 在涉及财产分割时，法院会根据具体情况处理。若男方有外遇且被认定为过错方，法院在分割财产时可能会倾向于无过错方（即女方），可能少分或不分给过错方。这体现了法律对过错方的惩罚和对无过错方的保护原则。
- 举例：若男方有外遇且被法院认定存在过错，法院在分割财产时可能会考虑女方的贡献和损失，适当多分给女方一些财产。
四、法律建议
- 收集证据：若女方怀疑男方有外遇并打算离婚，应尽早收集相关证据，如聊天记录、照片、视频等，以便在诉讼中证明男方的过错行为。
- 寻求法律帮助：在处理此类案件时，建议女方咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及诉讼流程和注意事项。
- 保持冷静和理性：无论结果如何，女方都应保持冷静和理性，不要因情绪激动而做出过激行为。同时，应积极面对生活，寻找新的幸福。
总之，男方在婚姻期间有外遇并起诉离婚时，法院的判决将综合考虑多方面因素。若您有相关法律问题，可以直接向我咨询。