股东可以不按照出资比例认定股权。具体分析如下：
一. 不按出资比例认定股权的合法性
- 股东协商决定：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，全体股东可以通过协商，决定不按出资比例分配股权。这意味着，股东之间可以基于彼此的协商，达成一种不同于出资比例的股权分配方式。
- 公司章程规定：如果公司章程中有关于股权分配方式的特别规定，那么应当按照公司章程的规定来分配股权。这进一步体现了股东在不按出资比例分配股权方面的自主性。
二. 法律依据
- 《中华人民共和国公司法》第二十七条：该条款规定了股东可以用货币、实物、知识产权等方式出资，但并未强制要求股权分配必须按照出资比例进行。
- 《中华人民共和国公司法》第三十四条：该条款明确指出，股东可以按照实缴的出资比例分取红利，但在全体股东有约定的情况下，可以不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资。这一规定直接支持了股东可以不按出资比例认定股权的做法。
综上所述，股东在不违反法律法规的前提下，完全可以通过协商或公司章程的规定，不按照出资比例来认定股权。这种做法在法律上是合法的，并且得到了《中华人民共和国公司法》的明确支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。