在合同纠纷中，赔偿和签协议哪个优先并无固定答案，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、从合同履行与纠纷解决流程角度
若合同仍在履行或刚产生纠纷，且双方有继续合作意愿：
- 优先签协议：此时，双方可以通过协商，签订补充协议或和解协议，明确各自的权利义务，以及纠纷的解决方案。这种方式有助于维护双方的合作关系，避免因纠纷而影响合同的继续履行。例如，在买卖合同中，如果买方因资金问题暂时无法支付货款，但双方希望继续合作，那么可以签订一份延期付款协议，明确付款时间和违约责任，从而既解决了当前的纠纷，又保障了合同的继续履行。
若合同已无法继续履行，或一方已明确表示违约：
- 优先谈赔偿：在这种情况下，继续签订协议可能已无实际意义，因为合同的基础已经动摇。此时，双方应重点讨论违约赔偿问题，包括赔偿的范围、金额、支付方式等。例如，在租赁合同中，如果承租人未经出租人同意擅自转租，导致合同被解除，那么出租人可以要求承租人赔偿因转租造成的损失，包括租金损失、房屋损坏修复费用等。
二、从法律程序与证据固定角度
若担心对方反悔或证据可能灭失：
- 优先签协议：在协商赔偿的过程中，如果担心对方事后反悔或相关证据可能灭失，那么可以优先签订一份书面协议，将双方的协商结果固定下来。这份协议可以作为后续法律程序的证据，保障自己的合法权益。例如，在交通事故赔偿中，如果双方就赔偿金额和方式达成了一致，但担心对方事后不履行，那么可以签订一份赔偿协议，并明确违约责任和争议解决方式。
若已进入法律程序或准备起诉：
- 赔偿与协议并行：在这种情况下，赔偿和签协议可能并不是完全独立的两个环节。一方面，你可以在法律程序中主张自己的赔偿请求；另一方面，你也可以与对方协商签订和解协议或调解协议，以尽快解决纠纷。如果和解或调解成功，那么可以签订协议并撤回起诉或接受调解结果；如果和解或调解不成功，那么可以继续进行法律程序。
三、从实际效果与成本角度
若希望快速解决纠纷并降低成本：
- 优先签协议：通过协商签订协议的方式解决纠纷，通常比通过法律程序解决更加快速和低成本。因为法律程序可能需要较长的时间和较高的费用，而协商签订协议则可以在双方自愿的基础上进行，更加灵活和高效。
若对方拒绝协商或赔偿要求过高：
- 考虑法律程序：如果对方拒绝协商或提出的赔偿要求过高，那么你可能需要考虑通过法律程序来解决纠纷。在这种情况下，你可以先收集相关证据，然后向法院提起诉讼或申请仲裁，通过法律手段来维护自己的合法权益。
建议：在处理合同纠纷时，你可以先尝试与对方进行协商，看是否能够签订一份双方都满意的协议。如果协商无果或对方拒绝协商，那么你可以考虑通过法律程序来解决纠纷。无论选择哪种方式，都需要确保自己的合法权益得到保障，并尽可能降低解决纠纷的成本和时间。如果您在处理合同纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。