纪委在怀疑代孕情况下，不能仅做母亲的亲子鉴定来确定男方是否参与代孕。这一结论基于以下几点法律分析和实际情况考量：

一. 亲子鉴定的基本原则

亲子鉴定原则上应当以双方自愿为原则，即父、母或成年子女在提出亲子鉴定请求时，应得到相关当事人的同意。然而，在某些特定情况下，如涉及法律诉讼或公共利益时，亲子鉴定可能由法院或其他有权机构依法进行。但即便如此，也不能仅凭一方的鉴定结果就作出最终判断。

二. 代孕亲子关系的复杂性

1. 代孕协议的法律效力：代孕协议在我国因违反公序良俗而通常被认定为无效。因此，代孕协议本身不能作为确定代孕亲子关系的法律依据。
2. 亲子关系的法律认定：在代孕情况下，亲子关系的认定尤为复杂。法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素，包括但不限于基因联系、代孕协议的内容、当事人的意愿等。

三. 仅做母亲亲子鉴定的局限性

1. 无法确定男方身份：仅做母亲的亲子鉴定只能确定母亲与子女之间的生物学关系，而无法确定男方的身份。在代孕情况下，男方的身份可能涉及提供精子的男性、代孕协议中约定的意向父亲或代孕子女法定母亲的配偶等多种可能性。
2. 可能导致不公平结果：如果仅凭母亲的亲子鉴定结果就作出判断，可能会忽视男方的合法权益，导致不公平的结果。特别是在涉及法律诉讼或公共利益时，必须确保程序的公正性和结果的准确性。

四. 法律建议

• 综合考量多种证据：在处理代孕亲子关系认定的问题时，纪委或相关机构应当综合考量多种证据，包括但不限于医学鉴定、代孕协议（尽管无效但可作为参考）、当事人的陈述等。
• 依法进行调查：纪委在怀疑代孕男方不在时，应当依法进行调查，收集相关证据，并尊重当事人的合法权益。
• 寻求法律专业人士意见：在处理此类复杂案件时，建议纪委或相关机构寻求法律专业人士的意见，以确保程序的合法性和结果的准确性。

我的观点是，纪委在怀疑代孕男方不在的情况下，不能仅做母亲的亲子鉴定来确定男方是否参与代孕。应当综合考量多种证据，依法进行调查，并尊重当事人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。