包工头不能仅以质量不合格为由拒付农民工工资。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律角度
工资支付义务：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位（包括包工头作为实际用工者）有义务按时足额支付劳动者工资。这是用人单位的基本责任，与工程质量无直接关联。
工程质量与工资支付的关系：
- 工程质量不合格是另一个法律问题，它可能涉及合同违约、赔偿等责任，但并不构成拒付工资的合法理由。除非劳动合同或相关协议中明确约定了工资支付与工程质量挂钩的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，否则包工头不能以此为由拒付工资。
法律责任：
- 如果包工头拒付工资，农民工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求包工头支付拖欠的工资及可能的赔偿金。同时，包工头还可能面临行政处罚或民事责任。
实际操作角度
沟通协商：
- 在出现工资支付问题时，农民工应首先尝试与包工头进行沟通协商，了解拒付工资的具体原因，并寻求解决方案。如果是因为工程质量问题，可以协商在工资中扣除相应的修复费用（如果合同或协议中有此约定且合法），但不应完全拒付工资。
证据收集：
- 农民工应保留好与包工头的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在需要时证明自己的劳动关系和工资支付情况。
法律途径：
- 如果沟通协商无果，农民工可以及时向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在仲裁或诉讼过程中，农民工需要提供充分的证据来证明自己的主张。
特殊情况处理
- 如果农民工与包工头之间的劳动合同或相关协议中明确约定了工资支付与工程质量挂钩的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么在工程质量确实不合格的情况下，包工头可能有权按照约定扣除部分工资或要求农民工承担修复费用。但这种情况需要严格的合同约定和证据支持，且扣除的金额应合理合法。
建议：农民工在遇到包工头以质量不合格为由拒付工资时，应首先了解自己的法律权益和义务，然后尝试与包工头进行沟通协商。如果协商无果，可以及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，农民工在平时的工作中也应注意保留好相关证据，以便在需要时证明自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。