员工签合作协议书在一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
协议内容合法：如果合作协议书的内容符合法律法规的要求，不违反强制性规定，且双方真实意思表示一致，那么该合作协议具有法律效力。例如，协议中明确约定了双方的权利义务、工作内容、报酬支付方式等关键条款，且这些条款不损害国家、集体及第三人利益，也不违背公序良俗，那么这份协议就是合法有效的。
双方自愿签订：合作协议的签订应当基于双方自愿、平等、公平的原则。如果员工在充分了解协议内容并自愿接受的情况下签订了合作协议，且协议内容不违反法律法规，那么这份协议就是合法的。
需注意情形
区分合作协议与劳动合同：在实际操作中，需要特别注意区分合作协议与劳动合同。如果名为合作协议，但实质上却具备了劳动合同的核心要素，如员工受公司管理、从事公司安排的有报酬劳动等，那么这份协议可能会被认定为劳动合同关系。在这种情况下，即便双方签订的是合作协议，也可能按照劳动合同法的相关规定来处理。
避免违法条款：合作协议中应避免包含违法条款，如竞业限制条款但未支付相应赔偿等。这些违法条款可能会导致整个协议或部分条款被认定为无效。
考虑实际履行情况：除了协议内容本身，还需要考虑协议的实际履行情况。如果协议在实际履行过程中与约定内容不符，或者存在其他违法行为，那么这份协议的合法性也可能会受到质疑。
法律建议
明确协议性质：在签订合作协议前，双方应明确协议的性质和目的，避免将本应属于劳动合同的内容纳入合作协议，以规避企业应承担的责任。
详细约定条款：合作协议中应详细约定双方的权利义务、工作内容、报酬支付方式、工作时间、保密条款等重要事项，以避免后续可能出现的纠纷。
遵守法律法规：在签订和履行合作协议过程中，双方应严格遵守相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。
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