非法转让土地使用权违法所得的认定，主要依据转让行为的非法性、获利事实的存在以及获利与非法转让行为之间的因果关系来进行综合判断。以下从几个方面详细阐述：
一、转让行为的非法性
非法转让土地使用权，首先要求土地使用权人未经合法批准或不符合法定条件，将依法享有使用权的土地转让给他人。这种转让行为可能涉及未办理相关土地转让审批手续、超越批准权限转让等情形。例如，未取得合法审批手续就将国有土地使用权转让给他人，或者将集体土地使用权违反规定进行转让，都属于非法转让行为。
二、获利事实的存在
要认定非法转让土地使用权的违法所得，必须有明确的获利事实。这包括转让所得的具体金额、财产形式等，且需有充分证据证明转让行为给转让方带来了经济利益的增加。例如，转让方通过非法转让土地使用权获得了现金、房产等财产性利益，这些利益都应被视为违法所得的一部分。
三、获利与非法转让行为之间的因果关系
除了存在实际的转让行为和获利事实外，还需要证明获利与非法转让行为之间存在因果关系。即因非法转让土地使用权而获得了该利益，若非转让行为则不会有此获利。例如，转让方通过非法转让土地使用权获得了高额的转让款，且这笔款项与转让行为直接相关，那么就可以认定这笔款项为违法所得。
四、违法所得的计算方法
在计算违法所得时，应以实际转让所得减去合法的成本支出为依据。合法成本支出包括土地开发成本、相关税费等。例如，转让方在转让土地使用权过程中支付了土地开发费用、税费等合法成本，那么在计算违法所得时应将这些成本从实际转让所得中扣除。
五、相关法律规定及立案追诉标准
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释的规定，非法转让、倒卖土地使用权，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
六、法律后果
非法转让土地使用权不仅可能导致违法所得被追缴，还可能面临刑事处罚。根据情节轻重，可能被处以三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金。
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