结论：无牌无照销售农药，在发物流途中烧毁，向法院起诉赔偿，法院是否予以立案，需视具体情况而定，但一般情况下，只要符合起诉条件，法院会予以立案。以下从不同角度进行分析：

一、起诉条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉需满足以下条件：

1. 原告与本案有直接利害关系：即原告需是因农药烧毁而遭受损失的人，比如农药的购买者或销售者（尽管无牌无照，但若其是实际损失方，仍可作为原告）。
2. 有明确的被告：即需明确指出是谁造成了农药的烧毁，比如物流公司、其他责任方等。
3. 有具体的诉讼请求和事实、理由：即原告需明确要求被告赔偿多少损失，并说明农药烧毁的事实及理由。
4. 属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：即该纠纷需属于法院民事诉讼的受理范围，且需向有管辖权的法院提起诉讼。

若满足以上条件，法院一般会予以立案。

二、无牌无照销售农药的影响

虽然无牌无照销售农药是违法行为，但这并不直接影响法院对赔偿纠纷的立案。法院立案主要审查的是起诉条件，而非原告或被告的行为是否合法。然而，无牌无照销售农药的行为可能会在后续的诉讼过程中影响责任划分和赔偿金额的确定。例如，如果法院认为原告的无牌无照销售行为对农药的烧毁负有一定责任，那么可能会减轻被告的赔偿责任。

三、物流途中的风险与责任

在物流途中，农药的烧毁可能由多种原因造成，如物流公司的过失、自然灾害等。若是由物流公司的过失造成，那么物流公司应承担相应的赔偿责任。此时，原告可以向物流公司提起诉讼，要求其赔偿损失。若是由自然灾害等不可抗力造成，那么可能需要根据具体情况来划分责任。

四、建议与注意事项

1. 收集证据：在提起诉讼前，原告应尽可能收集与农药烧毁相关的证据，如物流单据、照片、视频、证人证言等，以证明自己的损失和被告的责任。
2. 咨询专业律师：由于法律问题复杂多变，建议原告在提起诉讼前咨询专业律师，以了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果。
3. 注意诉讼时效：根据法律规定，民事诉讼有一定的时效期限。原告应在时效期限内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。

举例说明：假设原告是无牌无照销售农药的商家，农药在发物流途中因物流公司的过失而烧毁。此时，原告可以向物流公司提起诉讼，要求其赔偿损失。只要原告能提供充分的证据证明物流公司的过失和自己的损失，且满足起诉条件，法院一般会予以立案。

总结：无牌无照销售农药在发物流途中烧毁，向法院起诉赔偿，只要符合起诉条件，法院一般会予以立案。但无牌无照销售农药的行为可能会在后续的诉讼过程中影响责任划分和赔偿金额的确定。因此，建议原告在提起诉讼前咨询专业律师，并收集充分的证据。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。