核心结论：代孕小孩因无法做三方亲子鉴定导致上户口困难，可通过补充证据材料、申请司法鉴定替代方案、行政救济或诉讼途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 补充证据材料，证明亲子关系

若因代孕导致无法直接进行三方（父母+孩子）亲子鉴定，可尝试通过其他证据证明亲子关系，例如：

• 出生医学证明：若医院出具的出生证明上已载明父母信息，可作为初步证据；
• 生活痕迹证据：如孩子与父母的合影、视频、共同生活记录（医疗记录、教育记录等）；
• 证人证言：如接生人员、亲属、邻居等能证明亲子关系的证人；
• DNA分型比对：若能通过单方（如母亲或父亲）与孩子的DNA比对，结合其他证据，可能被司法机关认可。

注意：不同地区对证据的要求可能不同，需提前咨询当地户籍部门或公安机关。

2. 申请司法鉴定替代方案

若三方鉴定确实无法完成（如生父拒绝配合），可尝试以下替代方案：

• 单方鉴定+声明：由母亲或父亲一方与孩子进行DNA鉴定，并出具书面声明承认亲子关系；
• 法院委托鉴定：通过诉讼程序，由法院指定鉴定机构进行亲子鉴定，即使一方不配合，法院也可能根据其他证据推定亲子关系；
• 公证认证：部分地区允许通过公证处对亲子关系进行公证，但需提供充分证据。

3. 行政救济途径

若户籍部门拒绝上户口，可依法申请行政复议或提起行政诉讼：

• 行政复议：向上一级公安机关或政府提出复议申请，要求重新审查上户口申请；
• 行政诉讼：若复议未果，可向法院提起行政诉讼，要求户籍部门履行法定职责。

关键点：需在诉讼中充分举证，证明户籍部门拒绝上户口的行为缺乏合法依据。

4. 诉讼确认亲子关系

若其他途径无效，可通过民事诉讼确认亲子关系：

• 起诉确认亲子关系：以孩子名义起诉生父或生母，要求确认亲子关系；
• 举证责任：原告需提供初步证据（如代孕协议、支付记录、沟通记录等），被告若否认需提供反证；
• 法院判决：若法院认定亲子关系成立，可凭判决书申请上户口。

5. 特殊情况处理

• 代孕协议合法性：若代孕协议违反我国法律（如《人类辅助生殖技术管理办法》），可能影响上户口，需先解决协议效力问题；
• 涉外代孕：若代孕发生在境外，需根据我国法律和国际私法规则处理，可能涉及领事认证、翻译公证等程序。

6. 预防性建议

• 避免代孕：代孕在我国法律上存在诸多风险，建议通过合法途径（如收养）解决生育问题；
• 提前规划：若已通过代孕生育，应尽早咨询律师，准备证据材料，避免后续纠纷。

温馨提示：代孕问题涉及法律、伦理、社会多重复杂因素，建议根据具体情况选择合适方案，并全程咨询专业律师。若有进一步问题，可直接向我提问，我会为您提供详细解答。