因资质不全被废标，保证金能否退回需视具体情况而定，但通常情况下，若招标文件有明确规定且符合法定情形，保证金应予以退还。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据与招标文件规定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招标人在招标文件中应当明确规定保证金的退还条件和程序。若因投标人资质不全导致废标，且招标文件中有明确规定在此情形下保证金应退还，则招标人应依约退还。
招标文件规定：
- 招标文件是招标活动的法律依据，其中关于保证金的退还条款具有约束力。若招标文件规定，因资质不全等非投标人恶意行为导致的废标，保证金应退还，则投标人有权要求退还。
二、废标原因与责任划分
废标原因：
- 资质不全通常属于投标人自身的责任。但若招标文件未明确要求特定资质，或资质要求存在歧义，导致投标人误判，则废标责任可能不完全归咎于投标人。
责任划分：
- 若废标完全因投标人资质不全导致，且招标文件无特殊规定，招标人可能依据合同条款或行业惯例拒绝退还保证金。但若废标原因涉及招标人设置不合理资质要求，或存在其他过错，投标人可主张退还。
三、保证金退还的实践操作
退还流程：
- 投标人应在知道或应当知道废标结果后，及时向招标人提出保证金退还申请，并提供相关证明材料。招标人应在收到申请后，按照招标文件规定的期限和程序退还保证金。
争议解决：
- 若招标人拒绝退还保证金，投标人可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。在此过程中，投标人需提供充分证据证明其符合保证金退还条件。
四、建议与注意事项
仔细阅读招标文件：
- 投标人在参与招标活动前，应仔细阅读招标文件，了解保证金的退还条件和程序，以及资质要求等关键信息。
保留相关证据：
- 投标人应保留与招标活动相关的所有证据，包括投标文件、资质证明、废标通知等，以备不时之需。
及时主张权利：
- 若投标人认为其符合保证金退还条件，但招标人拒绝退还，应及时向招标人提出异议，并主张其权利。
具体案例分析：
假设某招标项目要求投标人具备特定资质，但招标文件未明确说明该资质的具体要求或标准。投标人A在提交投标文件时，提供了其认为符合要求的资质证明。然而，在评标过程中，评标委员会认为投标人A的资质不全，导致废标。此时，若招标文件未明确规定在此情形下保证金不予退还，且投标人A能证明其已尽到合理注意义务，则投标人A有权要求招标人退还保证金。
结论：
因资质不全被废标时，保证金能否退回需结合招标文件规定、废标原因及责任划分等因素综合判断。若招标文件有明确规定且符合法定情形，或废标原因不完全归咎于投标人，则保证金应予以退还。投标人在遇到此类问题时，应及时咨询专业律师，以维护其合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。