当三人合伙协议中的股份与公司法定的股份规定相冲突时，应以公司法规定为准，但需结合合伙协议的具体内容及法律原则进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
公司法优先：
- 公司法作为规范公司设立、组织、运营、解散等事项的基本法律，具有普遍适用性。当合伙协议中的股份规定与公司法相冲突时，原则上应遵循公司法的规定。这是因为公司法旨在保护公司、股东、债权人等各方利益，维护市场秩序，其规定具有更高的法律效力和权威性。
合伙协议的补充性：
- 合伙协议是合伙人之间就合伙事务达成的协议，具有相对性。它可以在不违反法律、行政法规强制性规定的前提下，对合伙人的权利义务、利润分配、亏损承担等事项进行约定。然而，当合伙协议中的股份规定与公司法相冲突时，合伙协议的该部分规定可能因违反法律强制性规定而无效。
二、具体冲突情形及处理
股份比例冲突：
- 若合伙协议中约定的股份比例与公司法规定的股份比例（如有限责任公司股东出资比例）不一致，且该不一致违反了公司法的强制性规定（如最低出资比例、最高出资比例等），则应以公司法规定为准。此时，合伙协议中的相关条款可能被认定为无效，合伙人应按照公司法规定的股份比例进行出资和享有权益。
股份转让限制冲突：
- 若合伙协议中对股份转让设置了比公司法更为严格的限制（如禁止转让、需全体合伙人同意等），而公司法允许在一定条件下进行股份转让（如有限责任公司股东之间可以相互转让其全部或者部分股权），则应以公司法规定为准。合伙人应遵守公司法关于股份转让的规定，不得通过合伙协议设置不合理的限制。
股东权利义务冲突：
- 若合伙协议中约定的股东权利义务与公司法规定的股东权利义务不一致（如股东表决权、分红权等），且该不一致违反了公司法的强制性规定或公平原则，则应以公司法规定为准。股东应按照公司法规定的权利义务行使权利和履行义务。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在签订合伙协议时，合伙人应充分了解公司法的相关规定，确保合伙协议中的股份规定与公司法不冲突。若存在冲突，应及时修改合伙协议或寻求法律专业人士的帮助。
- 在合伙过程中，若发现合伙协议中的股份规定与公司法相冲突，合伙人应协商解决或通过法律途径解决争议。
法律后果：
- 若合伙人违反公司法规定或合伙协议中的有效条款，可能承担违约责任、赔偿责任等法律后果。同时，若合伙协议中的相关条款因违反法律强制性规定而无效，合伙人可能无法按照原协议约定享有权益或承担义务。
综上所述，当三人合伙协议中的股份与公司法定的股份规定相冲突时，应以公司法规定为准。但具体处理时还需结合合伙协议的具体内容及法律原则进行综合判断。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。