刑事案件合并审理后，通常情况下会出具一份判决书，但在某些特殊情况下，也可能会分别出具判决书。以下是对这一问题的详细分析：
通常情况：出具一份判决书
合并审理的目的：合并审理主要是为了提高诉讼效率，避免重复诉讼，节省司法资源和当事人的时间、精力。当多个刑事案件存在关联时，一并审理和裁判能够更全面地处理案件，确保裁判结果的统一性和协调性。
判决书的形成：在合并审理后，法院会对所有合并的案件进行综合考量和裁判。这包括梳理相关事实、研究法律问题，并在此基础上进行综合考量，最终形成一份统一的判决书。这份判决书会对各个案件的争议焦点和处理结果进行明确，确保当事人的权益得到全面、准确的处理。
特殊情况：分别出具判决书
法律关系或事实情况的差异：在审理过程中，如果发现合并审理的案件存在不同的法律关系，或者事实情况有较大差异，且依据法律规定和案件实际，需要分别作出不同的裁判结论时，法院就可能会作出多个判决。
分别判决的必要性：分别判决可以确保每个案件都得到独立的、公正的裁判。在某些复杂案件中，不同案件之间可能存在较大的差异，如果强行合并判决，可能会导致裁判结果的不公正或不合理。因此，在这种情况下，分别判决是更为合适的选择。
实际应用中的考量
案件关联性：法院在决定是否合并审理时，会首先考虑案件之间的关联性。如果案件之间存在紧密的关联，如共同犯罪、连续犯罪等，那么合并审理并出具一份判决书是更为合理的选择。
司法效率与公正：合并审理并出具一份判决书可以提高司法效率，但也不能忽视裁判结果的公正性。如果合并审理会导致裁判结果的不公正或不合理，那么法院应该考虑分别审理并分别出具判决书。
举例说明：假设有两个刑事案件A和B，它们之间存在关联，如共同参与了一次犯罪活动。在这种情况下，法院可能会选择合并审理这两个案件，并出具一份判决书。但是，如果案件A和B在法律关系或事实情况上存在较大差异，如案件A涉及故意杀人，而案件B涉及盗窃，那么法院可能会考虑分别审理这两个案件，并分别出具判决书。
综上所述，刑事案件合并审理后出具一份还是两份判决书，取决于案件的具体情况和法院的裁判考量。如果您有具体的法律问题或案件情况需要咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。