若在工伤认定时遇到第三方相关单位不配合的情况，您不必过于担忧，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
一、自行收集证据并申请工伤认定
证据收集：
- 您可以自行收集能够证明劳动关系和工伤事实的证据，如劳动合同、工作证、工作服、考勤记录、工资发放记录、医疗诊断证明、工友证言等。
- 这些证据在工伤认定过程中至关重要，它们能够证明您与用人单位之间存在劳动关系，以及您在工作中遭受了伤害。
申请工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》的规定，职工或其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 即使第三方相关单位不配合提供材料，社会保险行政部门也会根据您提供的证据以及自身的调查核实情况作出工伤认定结论。
二、维护自身权益
要求单位承担不利后果：
- 如果第三方相关单位拒绝配合导致您的权益受损，您可以在后续的仲裁或诉讼中要求该单位承担相应的不利后果。
- 例如，如果因为单位不配合导致您无法及时获得工伤认定，进而影响了您的工伤赔偿，您可以要求单位赔偿因此造成的损失。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果您对社会保险行政部门作出的工伤认定结论不服，可以在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。
- 这是维护自身合法权益的有效法律途径，可以确保工伤认定程序的顺利进行，并帮助您获得应有的工伤待遇。
三、其他建议
向劳动监察部门反映：
- 如果第三方相关单位的不配合行为严重影响了您的工伤认定进程，您可以向当地的劳动监察部门反映情况。
- 劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，这可以借助行政力量推动工伤认定进程。
寻求专业法律帮助：
- 在整个过程中，如果您感到困惑或无法有效维护自己的权益，可以寻求专业律师的帮助。
- 作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供精准、有效的法律建议和帮助，助您顺利解决工伤认定难题。
示例说明：
假设您在工作中遭受了伤害，但第三方相关单位拒绝配合提供必要的材料。此时，您可以自行收集劳动合同、工作证、医疗诊断证明等证据，并向社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果社会保险行政部门根据您提供的证据作出了工伤认定结论，但第三方相关单位仍然拒绝承担相应责任，您可以在后续的仲裁或诉讼中要求该单位赔偿因此造成的损失。
法律背景：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工或其近亲属、工会组织有权在规定时间内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，会根据提供的材料以及自身的调查核实情况作出工伤认定结论。
- 如果用人单位拒绝配合导致职工权益受损，职工有权在后续的仲裁或诉讼中要求用人单位承担相应的不利后果。
可能后果：
- 如果您能够成功收集到足够的证据并申请到工伤认定，您将有权获得相应的工伤赔偿。
- 如果第三方相关单位拒绝配合导致您无法及时获得工伤认定或赔偿，您可能需要通过法律途径来维护自己的权益，这可能会耗费一定的时间和精力。但请放心，作为专业律师，我会全程为您提供法律支持和帮助。