残疾人上班迟到被扣工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且已公示

   • 若用人单位已在其公司规章制度中明确规定了准时上下班的准则及对于迟到、早退行为的惩戒措施（如扣除相应比例的工资），并且该规章制度已向全体员工（包括残疾员工）进行了详尽的通报和告知，那么依照此规章制度执行的上班迟到扣工资的决定便具有法律效力。这种情况下，残疾人上班迟到被扣工资并不违法。

2. 若公司规章制度不合法或未公示

   • 若用人单位未曾制定相关规章制度，或者虽有规章制度但未向员工公开公示，亦未进行充分的告知，那么此类上班迟到扣工资的行为便属于违法行为。在这种情况下，用人单位需全额退还劳动者被扣除的工资。同时，如果劳动者（包括残疾劳动者）因迟到而给用人单位带来经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也规定了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除部分有严格限制。

• 建议：

  • 对于用人单位而言，应制定合法、合理的规章制度，并确保已向全体员工进行了详尽的通报和告知。在执行惩戒措施时，应严格遵守法律法规，不得随意克扣员工工资。
  • 对于残疾员工而言，如果认为公司的扣工资行为违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司退还被扣除的工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

特殊情况考虑：

• 对于残疾员工，用人单位在制定和执行规章制度时，应充分考虑其身体状况和实际困难，避免制定过于苛刻或不合理的规定。如果残疾员工因身体原因导致偶尔迟到，用人单位可以采取更为人性化的处理方式，如警告、提醒等，而非直接扣工资。

总之，残疾人上班迟到被扣工资是否违法，取决于公司规章制度的合法性和公示情况。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。