离职时若在辞职原因中写明是个人原因，但与公司签有补偿金协议，该补偿金协议是否具有法律效力，需分情况讨论：

1. 若补偿金协议内容合法且双方真实意思表示：

   • 即便在辞职申请中写明因个人原因离职，只要补偿金协议是双方在平等、自愿的基础上签订的，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该补偿金协议就是具有法律效力的。
   • 例如，双方约定因公司某些特定原因（如业务调整、组织架构变更等，虽未直接导致劳动者离职，但双方协商一致）给予劳动者一定的经济补偿，且该约定不违反法律规定，那么劳动者在离职后就有权依据协议要求公司支付补偿金。

2. 若能证明辞职原因并非个人原因，且符合法定补偿情形：

   • 如果劳动者能提供证据证明其实际的离职原因并非个人原因，而是由于公司存在未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等法定情形，且这些情形符合《中华人民共和国劳动合同法》中关于经济补偿的规定，那么劳动者仍然有权要求公司支付经济补偿金。
   • 例如，劳动者在离职前多次与公司沟通，表明因公司拖欠工资被迫离职，并要求在离职申请中写明前述原因但被拒绝，无奈之下才在离职申请中填写因个人原因辞职。此时，若劳动者能提供录音、聊天记录等证据证明其实际的离职原因，且法院查明确实存在公司拖欠工资的事实，那么法院就会采信劳动者的主张，判令公司支付经济补偿金。

3. 若补偿金协议存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如果补偿金协议是在欺诈、胁迫或者乘人之危的情况下签订的，那么该协议就是无效的。劳动者在离职后就有权不履行该协议，并可以依据实际情况要求公司支付相应的经济补偿。
   • 例如，公司以不支付最后一个月工资为由胁迫劳动者签订补偿金协议，且协议内容明显不公平，那么劳动者在离职后就有权向法院申请宣告该协议无效，并要求公司按照法律规定支付经济补偿金。

法律建议：

• 在签订补偿金协议时，劳动者应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
• 如果对协议内容有疑问或不确定的地方，应及时向公司提出并要求解释清楚。
• 在离职过程中，劳动者应保留好与公司的沟通记录、工资单、考勤记录等证据，以备不时之需。
• 如果发生劳动争议，劳动者应首先尝试与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解组织申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

可能法律后果：

• 如果补偿金协议具有法律效力，且公司未按照协议约定支付补偿金，那么劳动者有权向法院提起诉讼要求公司履行协议。
• 如果劳动者能证明其实际的离职原因符合法定补偿情形，但公司拒绝支付经济补偿金，那么劳动者同样有权向法院提起诉讼要求公司支付经济补偿金。
• 如果补偿金协议无效或被撤销，那么劳动者有权要求公司按照法律规定支付相应的经济补偿。