教务主任私扣毕业生档案是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》（虽主要针对劳动关系，但其中关于劳动者权益保护的原则可类比适用至学校与学生关系中，尤其在涉及档案等个人权益时）：该法强调了对劳动者（类比为学生）个人权益的保护，包括个人信息的保护以及档案等个人资料的合法管理。学校作为教育机构，同样有义务保护学生的合法权益，不得非法扣留或处置学生的档案。

2. 《中华人民共和国教育法》：该法明确规定了学校及其他教育机构应当依法保护学生的合法权益，包括学生的学籍档案等个人资料。教务主任作为学校管理人员，其职责是管理和保护学生的档案，而非私自扣留。

3. 《中华人民共和国档案法》：该法规定了档案的管理、利用和保护原则，明确指出档案应当依法管理，不得非法扣留、篡改或损毁。毕业生档案属于个人档案的一部分，受该法保护。

二、教务主任私扣档案的可能情形及法律后果

1. 无合法理由扣留档案：

   • 如果教务主任没有合法的理由（如学生未结清学费、未完成毕业手续等，且这些理由需在学校规章制度或相关法律法规中有明确规定）而私自扣留学生的档案，这构成对学生合法权益的侵犯。
   • 法律后果：学生有权要求学校立即返还档案，并可向教育行政部门投诉或寻求法律援助。学校可能因此面临行政处罚，教务主任个人也可能因滥用职权而承担相应的法律责任。

2. 以不合法理由扣留档案：

   • 即使教务主任提出了一些看似合理的理由（如学生违反校规等），但如果这些理由不在学校规章制度或相关法律法规的明确规定范围内，或者扣留档案的行为超出了合理必要的限度，同样构成违法。
   • 法律后果：与上述无合法理由扣留档案的情形类似，学生有权要求返还档案，并可寻求法律救济。

三、建议与措施

1. 与学校沟通：

   • 学生首先应尝试与学校或教务处进行沟通，了解扣留档案的具体原因，并要求学校提供合法的依据。
   • 如果沟通无果，学生可以进一步向学校的高层管理人员或教育行政部门反映情况。

2. 寻求法律援助：

   • 如果学校拒绝返还档案或无法提供合法的扣留理由，学生可以考虑寻求法律援助，包括咨询律师或向当地法律援助机构申请帮助。
   • 在必要时，学生可以向法院提起诉讼，要求学校返还档案并赔偿因此造成的损失。

3. 保留证据：

   • 在整个过程中，学生应保留好与学校沟通的相关记录（如邮件、短信、录音等），以及可能证明学校违法扣留档案的其他证据。
   • 这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。

作为高和利律师，我建议你如果遇到教务主任私扣毕业生档案的情况，不要慌张，要依法维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。