在处理善意取得发票的问题时，关键在于理解“善意取得”的定义以及相关的税务处理规定。以下是对如何举证善意取得发票的详细解答：
一、善意取得发票的定义
善意取得发票，通常指的是纳税人在不知情的情况下，从销售方取得了与实际经营业务情况不符的发票（即虚开发票），但并非出于故意或恶意。根据国家税务总局的相关规定，对于符合善意取得条件的纳税人，不以偷税或者骗取出口退税论处。
二、举证善意取得发票的关键点
证明不知情：
- 纳税人需要提供证据证明自己在取得发票时，对发票的虚开情况并不知情。这可以通过提供与销售方的交易记录、合同、付款凭证等来证明交易的真实性和合法性。
- 纳税人可以说明自己在取得发票前，已经对销售方的资质和信誉进行了合理的审查，但无法预见到发票的虚开情况。
证明交易的真实性：
- 纳税人需要提供与发票相关的交易合同、订单、发货单、收货单等证据，以证明交易的真实存在。
- 如果可能，纳税人还可以提供与销售方的沟通记录，如邮件、短信等，以证明双方就交易事项进行了真实的协商和确认。
及时采取措施：
- 一旦发现取得的发票是虚开的，纳税人应立即停止使用该发票，并主动向税务机关报告情况。
- 纳税人应积极配合税务机关的调查，提供必要的证据和资料，以证明自己的善意取得行为。
三、税务处理规定
- 根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），对于善意取得虚开发票的纳税人，虽然不以偷税或者骗取出口退税论处，但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税。
- 如果纳税人能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，那么依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
四、建议与措施
- 加强财务管理：企业应建立健全的财务管理制度，对取得的发票进行严格的审核和查验，确保发票的真实性和合法性。
- 利用税务查询渠道：充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票真伪进行查验。
- 及时咨询与沟通：如果对取得的发票存在疑问或不确定是否为善意取得，应及时向税务机关咨询或沟通，以获取专业的指导和帮助。
综上所述，举证善意取得发票需要纳税人提供充分的证据证明自己的不知情、交易的真实性以及及时采取的措施。同时，纳税人也需要了解并遵守相关的税务处理规定，以确保自己的合法权益得到保障。