药品流通使用电子随货同行单并不违法。以下从法律背景、具体规定及实践应用三个角度进行详细分析：

一、法律背景与合规性依据

根据《中华人民共和国药品管理法》《中华人民共和国电子签名法》及《药品经营质量管理规范》等法律法规，电子随货同行单作为药品流通环节的电子凭证，其法律效力与纸质随货同行单等同。这一规定明确了电子凭证在药品流通中的合法地位，为电子随货同行单的使用提供了法律基础。

二、具体规定与操作要求

以辽宁省药品监督管理局发布的《辽宁省药品零售连锁企业使用电子随货同行单管理规定（征求意见稿）》为例，该规定对电子随货同行单的使用提出了具体要求：

1. 效力等同：电子随货同行单与纸质随货同行单具有同等法律效力，可用于药品出库、送货确认、收货、验收等环节。
2. 系统控制：企业需在统一的计算机管理系统控制下使用电子随货同行单，确保数据原始、真实、准确、安全和可追溯。
3. 设施设备：连锁门店应配备辅助收货、验收的设施设备，如手机小程序或扫码设备，实现与总部系统的数据同步共享。
4. 信息内容：电子随货同行单需包含药品通用名称、批准文号、批号、数量、规格、有效期等关键信息，确保药品来源可查、去向可追。
5. 记录保存：企业需按规定存储、备份相关记录和数据，保存时限符合法律法规要求。

三、实践应用与风险提示

1. 合法使用场景：在药品零售连锁企业中，电子随货同行单已广泛应用于药品出库、运输、收货等环节，提高了流通效率，降低了纸质单据的使用成本。
2. 风险防控：企业使用电子随货同行单时，需确保系统安全、数据完整，避免因系统故障或数据篡改导致法律风险。同时，应建立应急预案，应对停电等突发事件，确保药品经营活动持续符合法定管理要求。
3. 地区差异：虽然辽宁省已出台相关管理规定，但其他地区可能尚未明确电子随货同行单的具体使用要求。因此，企业在跨地区经营时，需了解并遵守当地法律法规，确保合规经营。

四、建议与总结

1. 合规使用：企业使用电子随货同行单时，应严格遵守相关法律法规和管理规定，确保数据真实、准确、可追溯。
2. 系统升级：企业应定期升级计算机管理系统，提高系统安全性和稳定性，防范数据泄露或篡改风险。
3. 培训与内审：企业应对相关人员进行岗前培训，提高其对电子随货同行单使用的认识和操作能力。同时，应定期开展内审和风险评估，确保药品经营活动持续符合法定管理要求。

总结：药品流通使用电子随货同行单并不违法，但企业需严格遵守相关法律法规和管理规定，确保数据真实、准确、可追溯。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。