结论前置：在投标人须知和合同条款不一致的情况下，填写投标函附录需谨慎处理，核心原则是确保投标文件的合规性、明确性，并尽量规避法律风险。具体处理方式需结合不一致内容的性质、招标文件的要求以及相关法律法规综合判断，以下分情况说明：

1. 优先遵循招标文件的强制性要求

若投标人须知与合同条款的不一致涉及招标文件的“实质性要求”（如投标有效期、质量标准、付款方式等），根据《招标投标法》及相关实施条例，应以招标文件（包括投标人须知）为准。此时填写投标函附录时，需明确响应招标文件的要求，避免直接引用合同条款导致废标。
操作建议：

• 在投标函附录中，对不一致条款逐项说明，注明“以招标文件第X条为准”；
  
• 若合同条款为招标文件附件，需在附录中标注“合同条款第X条与招标文件不一致的，以招标文件为准”，并附法律依据（如《招标投标法》第48条）。

2. 非实质性条款可协商或补充说明

若不一致内容为非实质性条款（如技术参数细节、违约责任的具体计算方式等），且招标文件未明确禁止修改，可在投标函附录中提出补充条款或差异说明，但需确保不违反招标文件的强制性规定。
操作建议：

• 在附录中增加“差异表”，列明合同条款与招标文件的具体差异及处理方式（如“合同第X条约定X，但投标人承诺按招标文件第Y条执行”）；
  
• 避免直接修改合同条款，而是通过附录承诺“中标后按招标文件要求签订合同”，降低被认定为“不响应招标文件”的风险。

3. 法律风险防范：明确约定冲突解决规则

为避免中标后因条款不一致产生纠纷，可在投标函附录中主动约定冲突解决规则，例如：

• “若合同条款与招标文件不一致，以招标文件为准；若招标文件未明确，按行业惯例执行”；
  
• “本投标文件与合同条款冲突的，以本投标文件承诺为准，但不得违反法律法规强制性规定”。
  法律依据：根据《民法典》第488条（承揽合同规则），当事人可对合同内容协商补充，但不得规避招标文件的强制性要求。

4. 特殊情形：招标文件存在歧义时的处理

若投标人须知与合同条款的不一致源于招标文件本身的歧义或矛盾（如同一条款在不同章节表述矛盾），此时需以招标人澄清为准。
操作建议：

• 在投标截止前，通过书面形式要求招标人澄清不一致内容；
  
• 若未获澄清，可在投标函附录中注明“因招标文件第X条与第Y条存在矛盾，投标人按XX方式理解并响应”，并保留相关沟通记录作为证据。

总结：填写投标函附录的核心是“合规优先、风险可控”。建议结合具体不一致内容，优先响应招标文件的强制性要求，对非实质性条款通过附录补充说明，并主动约定冲突解决规则。若仍有疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。