在父亲先给继母的自建房协议书和后儿子持有房产证的情况下，谁有权拥有房子，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 自建房协议书的法律效力：

   • 如果这份协议书是父亲与继母之间真实意思的表示，且内容合法，比如明确了房屋的归属、使用、收益等权利，并经过了必要的法律程序（如公证或双方签字确认），那么这份协议书在法律上具有一定的效力。
   • 但需要注意的是，自建房协议书本身并不直接产生物权变动的效力，即它不能直接将房屋的所有权从父亲转移到继母名下。物权的变动通常需要依法进行登记。

2. 房产证的法律效力：

   • 房产证是房屋所有权的法律凭证，它证明了房屋的所有权归属。如果儿子持有房产证，且该房产证是依法颁发、真实有效的，那么从法律上讲，儿子是房屋的所有权人。
   • 房产证的颁发通常基于合法的房屋买卖、赠与、继承等法律行为，并经过了房地产管理部门的登记确认。

3. 两者冲突时的处理原则：

   • 当自建房协议书与房产证存在冲突时，应首先考虑两者的法律效力和形成时间。一般来说，后形成的法律文件（如房产证）在符合法律规定的情况下，可能具有更强的法律效力。
   • 但如果自建房协议书在先，且能够证明父亲在签订协议书时具有将房屋赠与或转让给继母的真实意思，同时该协议书的内容不违反法律强制性规定，那么继母可能基于该协议书享有相应的权利。然而，这种权利需要通过法律程序（如诉讼）来确认和实现。
   • 如果儿子是通过合法的继承、赠与或买卖等法律行为获得房产证，且该行为在父亲与继母签订自建房协议书之后，那么儿子作为房屋的所有权人，其权利应受到法律保护。

4. 建议与后续行动：

   • 在这种情况下，建议各方首先通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如提起民事诉讼。
   • 在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，综合判断房屋的所有权归属。因此，保留和提供完整的证据链对于维护自身权益至关重要。

总结来看，不能仅凭自建房协议书或房产证就断定谁有权拥有房子。需要综合考虑两者的法律效力、形成时间以及相关法律行为。如果遇到此类纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。