结论前置：征收十三年后进行货币补偿，期间产生的各种损失能否获得赔偿及如何赔偿，需结合具体损失类型、征收补偿协议约定、当地政策规定以及诉讼时效等因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 征收补偿协议有约定的，按约定执行

若征收时与征收方签订了书面补偿协议，且协议中明确约定了“逾期补偿的利息”“停产停业损失”“搬迁过渡费”等损失的赔偿标准，则可直接依据协议主张权利。
法律依据：

• 《民法典》第465条：“依法成立的合同，受法律保护。当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”
  
• 《国有土地上房屋征收与补偿条例》第25条：“房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限等事项，订立补偿协议。”
  建议：优先核查协议原文，若协议未约定或约定不明，可进一步主张法定赔偿。

2. 协议无约定时，可主张法定赔偿项目

若协议未覆盖期间损失，可依据法律规定的补偿项目主张权利，常见包括：

（1）逾期补偿的利息损失

征收方未按约定时间支付补偿款，可主张逾期利息（通常按LPR或银行同期贷款利率计算）。
法律依据：

• 《民法典》第577条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”
  
• 部分地方性法规（如《XX省国有土地上房屋征收与补偿条例》）可能明确逾期补偿的利息标准。
  

（2）停产停业损失

若被征收房屋用于经营，因征收导致停业的，可主张停产停业损失补偿（通常按前3年平均利润或房屋评估价值的一定比例计算）。
法律依据：

• 《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条：“作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括……因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。”
  
• 第23条：“对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。”
  

（3）搬迁过渡费

若征收后未及时安置，导致被征收人需临时租房或搬迁的，可主张过渡费（通常按人口或面积计算）。
法律依据：

• 地方性法规（如《XX市国有土地上房屋征收与补偿实施办法》）可能明确过渡费标准。
  

（4）其他直接损失

如因征收导致房屋内物品损坏、搬迁费用增加等，可主张实际损失赔偿。
法律依据：

• 《民法典》第1184条：“侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。”
  

3. 诉讼时效问题需注意

若通过诉讼主张赔偿，需关注诉讼时效：

• 一般时效：3年（自知道或应当知道权利受损之日起算）。
  
• 特殊情形：若征收行为被确认违法（如程序违法、补偿标准过低），时效可能从确认违法之日起算。
  法律依据：
  
• 《民法典》第188条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。”
  
• 《行政诉讼法》第46条：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。”
  

4. 实践中的操作建议

1. 收集证据：保留征收公告、补偿协议、搬迁费用票据、停业证明等材料。
   
2. 协商优先：先与征收方沟通，明确损失计算方式及补偿金额。
   
3. 行政复议或诉讼：若协商无果，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认征收行为违法并赔偿损失。
   

总结：征收十三年后的损失赔偿需结合协议约定、法律规定及证据情况综合主张。建议优先核查协议内容，再根据实际损失类型选择法定赔偿项目，同时注意诉讼时效风险。如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询细节。