公司与公司之间借款的案由，在法律上通常被认定为借款合同纠纷。以下是对这一问题的详细分析：

1. 案由的确定：

   • 当两家公司之间发生借款行为，并因此产生纠纷时，法院在立案时通常会根据当事人的起诉来确定案由。在这种情况下，案由一般会被定为“借款合同纠纷”。
   • 如果当事人起诉的法律关系与实际诉争的法律关系不符，法院在结案时会以法庭查明的当事人之间实际存在的法律关系作为确定案由的依据。但就公司间借款而言，若确实存在借款事实且双方有书面或口头借款协议，则案由多定为借款合同纠纷。

2. 借款合同纠纷的解决：

   • 当借款合同发生纠纷时，当事人双方首先应及时协商解决。协商解决有利于维护双方的感情，有利于以后继续合作，而且协商解决简便、迅速、耗费少、便于执行。
   • 如果当事人协商不成，任何一方均可向合同管理机构申请调解、仲裁，也可以直接向人民法院起诉。在利用诉讼方式解决纠纷时，法院会及时、正确地审理案件，解决纠纷，以减少双方当事人的经济损失，维护国家、社会和公民个人的利益。

3. 公司间借贷的合法性：

   • 依据我国法律规定，一般不允许非金融企业之间相互借款。但针对当前经济运行中存在的一些突出问题，在现今的司法实践中，对非金融企业之间的借贷，会根据案件的实际情况进行认定。
   • 如存在上下级关系、长期业务往来关系，对企业确因资金周转困难，临时性、个别的、不以收取高息为目的的短期借款，经审查不属于违反国家规定办理借贷或者变相借贷融资业务的违法行为的，结合其他情况可认定为该借款行为有效。

4. 借贷纠纷的本质与处理：

   • 借贷纠纷是指因借用他人财物不能按时归还，在借用人与出借人之间产生的纠纷。一般借贷纠纷是一种民事法律关系，应受民事法律调整，不产生刑事责任。
   • 但是，如果行为人以借贷为名，行诈骗财物之实，则应以诈骗罪论处。而区分以借贷为名的诈骗罪与借贷纠纷的界限，最关键的是查明行为人有无非法占有他人财物的目的。

综上所述，公司与公司之间借款的案由在法律上通常被认定为借款合同纠纷。在处理此类纠纷时，应首先尝试协商解决，若协商不成，则可通过调解、仲裁或诉讼等方式解决。同时，也应注意公司间借贷的合法性问题，避免因违法借贷而产生不必要的法律风险。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。