针对您提出的“破产重整企业已被查封的股权如何处理”这一问题，我将从以下几个方面进行详细解答：
一、破产重整中股权处置的基本原则
在破产重整程序中，股权的处置需遵循重整计划的安排，并经过法定程序表决通过，以确保公平公正，保障各方权益。股权处置的方式一般包括削减和让渡两种：
- 削减股权：即减少原股东的持股比例，以改善公司的财务结构。
- 让渡股权：原股东将部分或全部股权转给新投资者或债权人，以引入资金和资源，助力企业重整。
二、已被查封股权的特殊处理
对于已被查封的股权，在破产重整过程中，其处理需结合企业破产法与执行程序的相关规定进行综合考量：
法律规定的冲突与协调：
- 根据企业破产法第十九条，人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。这意味着，在破产重整程序中，原本对股权的查封措施理论上应当被解除。
- 然而，在执行程序中，冻结股权的法律效果之一为限制股权转让，未经申请执行人同意、未解除冻结措施之前，不能办理股权变更登记。这就产生了法律规定的冲突。
实践中的处理方式：
- 在实践中，若因股权被冻结导致无法过户，势必影响重整计划的执行、企业的“重生”以及债权人的受偿。因此，从利益最大化的角度出发，在群体利益面前，个体利益（如申请执行人的利益）可能需要作出适当让步。
- 部分地区已通过制定审判业务文件的方式进行工作指导，如《广东省高级人民法院关于审理企业破产案件若干问题的指引》等，明确规定根据重整计划需办理重整企业股东登记事项或出资权益变更手续的，管理人可向法院申请协助执行，破产法院可出具协助执行通知书，请市场监管部门协助解除查封、办理变更登记。
法理依据及法律规定：
- 执行程序中，冻结被执行人股权适用的是民事诉讼法，属于一般法；重整程序中对股权进行调减、变更登记适用的是企业破产法，属于特别法。根据特别法优先于一般法的原则，本案可优先适用企业破产法。
- 从股权冻结的法律效果看，相关司法解释并未明确禁止破产法院要求协助变更股权登记。因此，市场监管部门根据破产法院的要求，按照重整计划对破产企业的股权进行变更登记，并不违反股权冻结的相关规定。
三、原股东权益的保障
在破产重整过程中，原股东的权益也需得到充分保障：
- 若原股东存在未出资或抽逃出资的情况，管理人有权要求其补足出资并调整其股权。
- 股东对股权处置方案有异议的，可通过合法途径表达诉求，如向法院提出申诉或参与相关会议进行表决等。
四、结论与建议
综上所述，对于破产重整企业已被查封的股权，其处理需结合企业破产法与执行程序的相关规定进行综合考量。在保障各方权益的前提下，应积极推动重整计划的执行，助力企业摆脱困境、恢复生产经营。同时，原股东的权益也需得到充分保障，确保其合法权益不受侵害。
建议您在处理此类问题时，密切关注相关法律法规的变化和司法实践的发展，及时咨询专业律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。