两家独立的法人可以联合制定制度。

在具体实践中，两家独立的法人可能会因为业务合作、资源共享、风险共担等需要，而联合制定一些规章制度或合作协议。这些制度或协议旨在明确双方的权利和义务，规范合作行为，确保合作的顺利进行。

例如，两家公司可能会联合制定一份《合作框架协议》，其中规定了合作的具体内容、合作期限、双方的责任和义务、利润分配方式等。这份协议就是双方联合制定的制度，对双方都具有约束力。

从法律角度来看，两家独立的法人联合制定制度并不违反法律法规的禁止性规定。只要双方意思表示真实，制度内容合法，且不违反公序良俗，那么这份制度就是有效的。当然，如果制度中涉及到需要审批或备案的事项，还需要按照相关法律法规的规定办理相关手续。

综上所述，两家独立的法人完全可以根据实际需要联合制定制度，以规范双方的合作行为，确保合作的顺利进行。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。