公司亏损时离婚，公司股份中是否包含配偶财产，这主要取决于公司的类型以及夫妻双方的财产约定。下面我分情况详细解释：

1. 如果公司是夫妻共同设立的：

   • 在这种情况下，根据《民法典》的相关规定，夫妻双方在公司中的股份通常被视为夫妻共同财产。无论公司是否亏损，这些股份在离婚时都可能被作为财产分割的对象。
   • 具体分割方式可能因公司实际运营情况、双方贡献大小、亏损原因等因素而有所不同，需要通过协商或诉讼来确定。

2. 如果公司是一方婚前设立的，且另一方未参与经营：

   • 在这种情况下，公司股份可能不属于夫妻共同财产，而是属于设立公司的一方的个人财产。
   • 然而，如果婚后公司产生了收益，并且这些收益被用于夫妻共同生活或投资，那么这部分收益可能被视为夫妻共同财产，在离婚时需要进行分割。

3. 如果夫妻双方有财产约定：

   • 如果夫妻双方在婚前或婚后签订了财产约定协议，并且该协议明确规定了公司股份的归属，那么离婚时应当按照协议来处理公司股份。
   • 无论公司是否亏损，只要协议有效且双方无异议，就应当按照协议来分割或处理公司股份。

4. 考虑公司亏损的影响：

   • 公司亏损可能会影响股份的实际价值。在离婚分割财产时，需要评估公司股份的实际价值，并考虑亏损对公司未来运营和盈利能力的影响。
   • 如果公司亏损严重且未来前景不明朗，那么股份的实际价值可能会大大降低，甚至可能变为负值。

综上所述，公司亏损时离婚，公司股份中是否包含配偶财产需要具体情况具体分析。如果你面临这样的情况，建议咨询专业律师进行详细咨询和评估。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。