不合法。批发门店使用本人工厂的营业执照进行经营是不符合法律规定的，以下从几个方面进行详细分析：

一、营业执照的专属性

营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。每个营业执照都对应着特定的经营主体、经营范围和经营场所。这意味着，营业执照具有专属性，不能随意转让或用于其他非指定的经营主体。批发门店和工厂，即使是同一法人所有，也是两个独立的经营主体，应当各自办理相应的营业执照。

二、违法行为的法律后果

如果批发门店未经许可，擅自使用本人工厂的营业执照进行经营，这将被视为无照经营或超越经营范围经营的行为。根据《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，这种行为可能会面临罚款、没收违法所得、责令停止经营活动等行政处罚。在严重的情况下，还可能涉及刑事责任。

三、合法经营的必要性

为了确保经营活动的合法性和规范性，批发门店应当依法办理自己的营业执照。这不仅可以避免法律风险，还可以提升企业的信誉度和市场竞争力。同时，合法经营也是保护消费者权益的重要保障。如果批发门店使用非法的营业执照进行经营，消费者在购买商品或接受服务时可能会面临各种风险和问题。

四、具体操作建议

1. 办理独立营业执照：批发门店应当向当地工商行政管理部门申请办理独立的营业执照，明确自己的经营主体、经营范围和经营场所。
2. 遵守法律法规：在经营过程中，批发门店应当严格遵守相关法律法规，不得超越经营范围进行经营，也不得使用非法的营业执照进行经营活动。
3. 咨询专业律师：如果在办理营业执照或经营过程中遇到任何法律问题，批发门店可以及时咨询专业律师，以确保自己的经营活动合法合规。

因此，批发门店使用本人工厂的营业执照进行经营是不合法的。为了确保经营活动的合法性和规范性，批发门店应当依法办理自己的营业执照，并严格遵守相关法律法规。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。