针对您提出的“私人收公司运费怎么处理”的问题，这涉及到多个方面，包括税务处理、合同关系以及法律责任等。以下是我为您提供的详细解答：
一、税务处理
印花税缴纳：
- 根据国家税务局的相关规定，货运业务中凡是明确承、托运双方业务关系的运输单据均属于合同性质的凭证，应以运费结算凭证作为应税凭证。
- 直接办理承、托运运费结算凭证的双方，均为货运凭证印花税的纳税人。因此，如果私人收取了公司运费，并作为运费结算的一方，那么该私人可能需要缴纳印花税。
个人所得税：
- 如果私人收取的运费被视为其个人收入，那么根据个人所得税法，该私人可能需要就这部分收入缴纳个人所得税。
二、合同关系
合作协议：
- 如果私人与公司之间存在合作协议，明确规定了运费的收取、结算和分配方式，那么双方应严格按照协议执行。
- 私人收取运费后，应按照协议约定的时间和方式将运费上交公司，避免挪用或占用。
违约责任：
- 如果私人违反合作协议，挪用或拒不偿还公司运费，公司有权要求私人承担违约责任，包括偿还欠款、支付利息或赔偿损失等。
三、法律责任
挪用资金罪：
- 如果私人收取公司运费后，挪用资金用于个人用途，且数额较大、拒不偿还，可能构成挪用资金罪，需要承担刑事责任。
民事纠纷：
- 如果私人与公司之间因运费问题产生纠纷，公司可以通过民事诉讼途径解决，要求私人偿还欠款及利息。
四、建议处理方式
完善合同：
- 公司应与私人签订明确的合作协议，规定运费的收取、结算和分配方式，以及违约责任等条款。
加强监管：
- 公司应加强对私人收取运费的监管，确保运费及时上交，避免挪用或占用。
法律途径：
- 如果私人拒不偿还运费，公司可以通过法律途径解决，包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。
综上所述，私人收取公司运费的处理方式需要综合考虑税务处理、合同关系以及法律责任等多个方面。公司应与私人签订明确的合作协议，并加强监管，确保运费及时上交。如果发生纠纷或违法行为，公司应及时通过法律途径解决。