自建房以门店形式经第三方转让是否合法，需分情况讨论：

1. 自建房产权清晰且转让行为符合法律规定时合法

   • 若自建房已取得合法的产权证明（如房产证），且转让行为符合《民法典》中关于房屋买卖的相关规定，包括但不限于双方自愿、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等，那么通过第三方进行转让是合法的。这里的第三方可能作为中介或代理人参与交易，但需确保其具备相应的资质或授权，且交易过程透明、合法。

2. 自建房产权不明或转让行为存在违法情形时不合法

   • 产权不明：若自建房未取得合法的产权证明，或存在产权纠纷（如共有权人未全部同意转让、房屋存在抵押或查封等情况），则转让行为可能因产权不明而无效。在此情况下，无论是否通过第三方进行转让，都可能面临法律风险。
   • 转让行为违法：若转让行为本身违反法律或行政法规的强制性规定（如未经批准擅自改变土地用途、违反城乡规划等），则即使通过第三方进行转让，也是违法的。此外，如果第三方在交易过程中存在欺诈、隐瞒等违法行为，也可能导致转让无效，并承担相应的法律责任。

法律建议：

• 核实产权：在进行自建房转让前，务必核实房屋的产权情况，确保产权清晰、无纠纷。
• 遵守法律：确保转让行为符合《民法典》等相关法律法规的规定，避免违法转让。
• 谨慎选择第三方：如果选择通过第三方进行转让，应谨慎选择具备相应资质和信誉的第三方，并签订明确的委托协议或中介合同，以明确双方的权利和义务。
• 咨询专业律师：由于自建房转让涉及复杂的法律问题，建议在转让前咨询专业律师，以确保转让行为的合法性和有效性。

可能后果：

• 若自建房转让行为不合法，可能面临转让无效、返还房屋、赔偿损失等法律后果。同时，如果涉及违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任。

如有任何关于自建房转让的法律问题，可以直接向我咨询。