串标违法所得金额的计算一般不扣除发票金额。具体分析如下：

1. 串标违法所得的本质
   串通投标行为违反《招标投标法》和《反不正当竞争法》，其违法所得是指通过非法手段获取的全部经济利益，包括直接收益（如中标价与实际成本的差额）和间接收益（如通过围标获得的后续合作机会）。发票作为合法交易的凭证，不能成为减免违法所得的理由。

2. 法律对违法所得的认定原则
   根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或限期改正违法行为，且违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律未规定需扣除合法成本或发票金额，因此计算时应以实际获取的全部利益为准。

3. 实务中的操作标准
   在行政处罚或刑事追责中，执法机关通常以串标行为的实际获利金额作为违法所得，例如：

   • 中标价与真实成本的差额；
   • 围标过程中支付的“协调费”“好处费”等非法支出；
   • 通过串标获得的其他经济利益。 发票金额若与违法所得无关（如合法采购发票），则无需扣除；若发票系伪造或用于掩盖非法行为，可能进一步构成其他违法行为。

4. 特殊情形的处理
   若串标行为中部分成本具有合法性（如实际发生的材料费、人工费），实践中可能根据具体案情酌情调整，但法律未明确规定必须扣除。例如，在刑事案件中，法院可能结合主观恶性、社会危害性等因素综合判断是否扣减部分成本。

建议：若涉及串标案件，需全面梳理资金流向、合同条款等证据，准确计算违法所得。如有疑问，可直接向我咨询具体案情及应对策略。