原股东的补充赔偿责任原则上是以其减资前的出资额为限，即100万为责任上限，而非减资后的5万，但具体责任范围还需依据减资程序是否合法合规来判定。以下从不同角度为您详细分析：

一、减资程序合法合规的情况

如果公司在减资过程中，严格遵循了《公司法》等相关法律法规的规定，包括但不限于：

1. 编制资产负债表及财产清单：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。
2. 通知债权人并公告：债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
3. 依法办理减资登记：公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额，并需完成工商变更登记。

在减资程序合法合规的前提下，如果公司后续发生债务，且原股东已经按照减资前的出资额履行了出资义务，那么原股东通常不需要再承担额外的补充赔偿责任。但这里的关键是，如果减资时未依法通知债权人，或者债权人要求清偿债务或提供担保而公司未予理会，那么减资程序可能被视为存在瑕疵。

二、减资程序存在瑕疵的情况

如果减资程序存在瑕疵，特别是未依法通知债权人或未满足债权人的清偿债务或提供担保的要求，那么原股东可能需要在减资范围内（即减资前的出资额与减资后的出资额之差）对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。在这种情况下，原股东的补充赔偿责任上限通常是其减资前的出资额与减资后的出资额之差，但考虑到法律对债权人保护的倾向，实践中可能会倾向于认定原股东需在其原出资额范围内（即100万）承担责任，尤其是当减资行为导致公司偿债能力显著下降时。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：如果原股东被认定需要承担补充赔偿责任，且该责任被限定在减资前的出资额范围内，那么原股东可能面临以其原出资额（100万）为限的债务清偿责任。

2. 建议：

   • 公司应严格遵守减资程序：确保在减资过程中依法通知债权人，并满足债权人的清偿债务或提供担保的要求。
   • 原股东应关注减资程序：如果参与减资决策，应确保减资程序合法合规，以避免后续承担不必要的法律责任。
   • 债权人应积极维护权益：如果发现公司减资程序存在瑕疵，且影响自身债权实现，应及时采取法律措施维护权益。

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