当船舶遇到运费纠纷时，可以按照以下步骤进行处理：

一、初步协商与沟通

首先，建议船方与货方或相关方进行友好的协商与沟通，尝试通过和解的方式解决纠纷。在协商过程中，应明确双方的权益和责任，以及运费的具体金额和支付方式等关键细节。如果能够达成一致，可以签订书面协议，以明确双方的权利和义务，避免后续出现新的争议。

二、寻求海事调解

如果协商无果，船方可以考虑向具有管辖权的海事管理机构提出海事调解申请。根据《海事调解管理办法》，海事调解工作应当以水上交通事故调查的事实为基础、相关法律法规为依据，坚持自愿、公平、公正和公开的原则。海事调解可以通过电话、邮件、书面和现场等多种方式进行，但达成协议后，应在当事各方的见证下共同签订海事调解协议书。

海事调解的具体流程如下：

1. 提交申请：船方应向海事管理机构提交书面调解申请，并附上相关证据材料。
2. 受理通知：海事管理机构决定受理后，会向涉案的当事方签发海事调解受理通知书。
3. 协商调解：海事管理机构会与当事方协商海事调解方式及时间，并通知所有当事方参加海事调解协商。在调解过程中，当事方应逐一申辩，提出所承担民事责任建议，并可递交用于证明事故责任的事实证据。
4. 达成协议：如果调解成功，当事各方会签订海事调解协议书，明确双方的权利和义务以及履行方式等。
5. 调解不成：如果调解不成或调解后当事一方不履行协议，当事任一方可依法向人民法院提起诉讼或者申请仲裁。

三、法律诉讼或仲裁

如果海事调解仍然无法解决纠纷，船方可以考虑通过法律途径解决。具体来说，可以根据与货方或相关方签订的合同中的约定，依法向有管辖权的人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，船方应提供充分的证据来证明自己的主张，并积极参与庭审或仲裁程序。

四、注意事项

在处理运费纠纷时，船方应注意以下几点：

1. 保留证据：船方应妥善保留与运费纠纷相关的所有证据，如合同、运单、发票、付款记录等，以便在协商、调解或诉讼过程中使用。
2. 及时行动：船方在发现运费纠纷后应及时采取行动，避免拖延导致证据丢失或时效过期。
3. 咨询专业人士：在处理运费纠纷过程中，船方可以咨询专业的法律人士或海事专家，以获取更专业的建议和帮助。

综上所述，当船舶遇到运费纠纷时，应通过初步协商与沟通、寻求海事调解以及法律诉讼或仲裁等途径来解决问题。在处理过程中，船方应保留证据、及时行动并咨询专业人士以维护自己的合法权益。