关于“未在时限内备案，但主动备案的，是否应该处罚”这个问题，首先我们要明确的是，是否处罚取决于具体的法律规定以及相关的执法实践。以下是我根据一般法律原则和假设情境给出的分析：

结论前置：是否处罚需根据具体法律规定和执法实践来判断，一般情况下，如果法律明确规定了备案的时限，并且规定了超时备案的处罚措施，那么未在时限内备案的行为是有可能受到处罚的。但主动备案可能会作为减轻或免除处罚的情节被考虑。

分析说明：

1. 法律规定：

   • 首先，我们需要查看相关的法律法规或行政规章，看是否有明确规定备案的时限以及超时备案的法律后果。
   • 如果法律明确规定了备案的时限，并且规定了超时未备案的处罚措施（如罚款、警告等），那么未在时限内备案的行为就构成了违法，理应受到相应的处罚。

2. 执法实践：

   • 在实际的执法过程中，执法机关会考虑多种因素来决定是否对超时备案的行为进行处罚，包括但不限于违法行为的性质、情节、社会危害程度以及当事人的态度等。
   • 如果当事人虽然未在时限内备案，但随后主动进行了备案，并且没有其他严重的违法行为，执法机关可能会酌情考虑减轻或免除处罚。

3. 主动备案的意义：

   • 主动备案表明当事人有改正错误的意愿和行动，这在一定程度上可以体现当事人的诚意和责任感。
   • 在某些情况下，主动备案可能被视为一种积极的行为，有助于减轻或消除违法行为的负面影响。

综上所述，未在时限内备案但主动备案的行为是否应该处罚，并没有一个统一的答案。它取决于具体的法律规定、执法实践以及当事人的具体情况。因此，如果你面临这样的情况，建议尽快咨询当地的法律专业人士或相关执法机关，以获取最准确、最权威的法律意见。