保密违法案件查处通常涉及三个主要环节，这些环节相互衔接，共同构成了保密违法案件查处的完整流程。以下是这三个环节的详细解释：

一、发现与立案

这一环节是保密违法案件查处的起点。在这个阶段，主要任务是通过各种渠道和方式发现可能的保密违法行为，并进行初步核实。一旦发现存在涉嫌违反保密法律法规的行为，且该行为属于保密行政管理部门管辖范围，就需要进行立案处理。立案是正式开展案件查处工作的标志，也是后续调查取证和依法处理的基础。

二、调查与处理

立案后，保密行政管理部门会组织专门的调查人员，对涉嫌保密违法的行为进行深入调查。调查过程中，会收集相关证据，包括物证、书证、证人证言等，以确保案件事实清楚、证据确凿。调查结束后，根据调查情况和相关法律法规，对涉案人员或组织进行依法处理。处理措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令停止违法行为等，对于严重违反保密法律法规的行为，还可能面临刑事责任追究。

三、结案与归档

这是保密违法案件查处的最后一个环节。在案件处理完毕后，保密行政管理部门会制作结案报告，详细记录案件查处过程、处理结果以及后续跟进措施等内容。结案报告需要经过审核批准，确保案件处理的合法性和合规性。同时，相关案件材料也会被整理归档，以备后续查阅和参考。归档工作对于保密违法案件的总结和分析具有重要意义，有助于发现案件查处过程中的问题和不足，为今后的工作提供借鉴和改进方向。

综上所述，保密违法案件查处的三个环节相互关联、缺一不可。通过这三个环节的有机结合和高效运作，可以确保保密违法案件得到及时、公正、有效的处理，维护国家安全和利益。