保密违法案件的调查处理确实是一个严谨且系统的过程，它主要包括以下三个核心环节：

一、违法主体与行为认定

这是案件处理的起点，关键在于明确谁实施了违法行为，以及具体实施了何种违法行为。

1. 违法主体确认：需要准确识别实施保密违法行为的主体，可能是机关、单位，也可能是个人。同时，要明确主体的身份、职责范围及其在保密工作中的具体义务和责任。

2. 泄密行为认定：要详细调查并确定是否有未经授权披露或泄露国家秘密、商业秘密的行为发生。这包括查明信息泄露的具体途径（如网络传输、物理接触等），确认被泄露信息的密级（如绝密、机密、秘密）及泄露的范围和重要性，以及评估违法行为的性质（故意或过失）和造成的危害后果。

二、调查程序与证据收集

这一环节是案件处理的关键，旨在通过规范的调查程序收集确凿的证据，为后续的法律适用和责任认定提供坚实基础。

1. 调查内容：要全面了解案件当事人的基本情况，包括违法行为的时间、地点、手段、后果等。同时，要核查机关、单位是否建立了健全的保密制度，以及相关人员是否知晓并遵循了这些制度。

2. 调查程序：保密行政管理部门在直接调查时，必须确保办案人员不少于两人，并出示有效证件。此外，可以对与泄密案件有关的场所、物品进行检查，并制作详细的检查笔录。

3. 证据收集：要全面收集物证、书证、证人证言、鉴定意见等各类证据。特别是要利用技术手段进行取证和密级鉴定，确保证据的客观性、关联性和合法性。

三、法律适用与责任认定

这是案件处理的最终环节，旨在根据收集的证据和法律规定，对违法主体进行准确的法律适用和责任认定。

1. 法律法规依据：要严格依据《中华人民共和国保守国家秘密法》及相关实施条例、《中华人民共和国反不正当竞争法》（涉及商业秘密保护）等法律法规进行处理。

2. 责任类型划分：根据违法行为的性质和后果，划分行政责任、民事责任和刑事责任。对直接责任人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员都要进行相应的责任追究。

3. 作出处理决定：根据调查结果和法律规定，对违法主体作出具体的处理决定，如行政处罚决定书、刑事判决书等。并确保这些处理决定得到有效执行，对执行情况进行监督检查。

综上所述，保密违法案件的调查处理是一个涉及多个环节和方面的复杂过程。通过严格遵守法律法规和程序规定，可以确保案件得到公正、公平和有效的处理，从而维护法律的严肃性和权威性。