非法营运不足1000元，将面临至少3万元的罚款，并可能被责令停止经营。具体分析如下：

一. 法律依据与处罚情况

• 根据《中华人民共和国道路运输条例》（2023年修订）第六十三条的规定，对于未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，若违法所得不足2万元（包括不足1000元的情况），将没收违法所得，并处以3万元以上10万元以下的罚款。

二. 实际处罚情况

• 在实际操作中，即使非法营运的收入很少，如不足1000元，也会面临至少3万元的罚款，并且可能会被责令停止经营。这是法律对非法营运行为的严厉打击，以维护市场秩序和交通安全。

三. 地区差异与裁量

• 需要注意的是，不同地区可能会根据当地实际情况，在法律规定的幅度范围内，制定具体的裁量标准来实施处罚。因此，实际处罚金额可能会因地区而异，但都不会低于法律规定的最低罚款标准。

四. 建议

• 我建议不要进行非法营运活动，因为非法营运不仅扰乱了正常的市场秩序，还存在安全隐患。一旦被发现，将面临严厉的处罚。对于需要从事道路运输经营的，应依法取得相应的经营许可，确保合法合规经营。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。