在国家企业信用信息系统中查不到的企业，并不能直接判断其是否合法。具体分析如下：
一. 企业信息查询不到的可能原因
企业未注册或信息未更新：
- 企业可能并未在市场监督管理部门进行注册登记，或者企业信息尚未更新到公示系统中。例如，新注册的企业可能需要一段时间才能将数据同步到公示系统。
- 解决办法：核实企业名称、统一社会信用代码等关键信息，确保准确无误；等待几个工作日后再次查询，或向原登记机关咨询。
企业状态异常：
- 企业可能因违法违规等行为被列入异常经营名录，或者已注销、吊销但信息尚未从系统中完全清除。
- 解决办法：通过公示系统的相关功能模块（如“经营异常名录”“严重违法失信企业名单”等）查找相关提示信息，或联系当地工商局了解具体情况。
系统或网络问题：
- 公示系统可能因网络问题、维护升级等原因出现不稳定情况，导致无法正常查询。
- 解决办法：检查网络连接，稍后再试或更换浏览器、设备再次尝试查询。也可以查看系统是否有相关的维护公告提示。
查询方式有误：
- 查询的省市不正确、输入的企业名称或注册号有误、查询方式不恰当等都可能导致查询不到企业信息。
- 解决办法：确认查询的省市为企业注册地，仔细核对输入信息，尝试使用不同的查询方式。
二. 企业合法性的判断
- 仅仅因为在国家企业信用信息系统中查不到企业信息，并不能直接得出企业不合法的结论。企业可能由于上述多种原因而未被查询到，但这并不意味着它不具有合法性。
- 要判断企业的合法性，还需要结合其他信息，如企业的营业执照、经营许可证等官方文件，以及企业的实际经营行为是否符合法律法规的规定。
我建议：在与企业进行交易或合作之前，除了通过国家企业信用信息系统查询企业信息外，还应要求企业提供相关的营业执照、经营许可证等官方文件，并进行仔细的核实。同时，也可以考虑通过其他渠道（如实地考察、咨询当地工商局等）来了解企业的真实情况和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。