对于持有营业执照但存在违法经营行为的“黑厂子”，将根据其具体违法行为由相应的行政机关进行处罚，可能包括罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。

一. 分析具体情况

1. 持有营业执照但违法经营：首先，我们要明确的是，该“黑厂子”虽然持有营业执照，但其经营活动存在违法性。营业执照是企业合法经营的凭证，但并不意味着持有者可以随意进行任何经营活动。
2. 违法行为的多样性：“黑厂子”的违法行为可能包括但不限于：生产假冒伪劣产品、违反安全生产规定、偷税漏税、侵犯知识产权等。

二. 根据违法行为进行处罚

1. 依据相关法律法规：对于“黑厂子”的违法行为，将依据《中华人民共和国产品质量法》、《中华人民共和国安全生产法》、《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国知识产权法》等相关法律法规进行处罚。
2. 具体处罚措施：
   • 罚款：对于轻微的违法行为，行政机关可能会处以罚款，以警示和纠正违法行为。
   • 没收违法所得：对于通过违法行为获得的收入，行政机关将予以没收。
   • 吊销营业执照：对于严重违法行为或多次违法不改的，行政机关可能会吊销其营业执照，取消其经营资格。
   • 其他处罚：根据违法行为的性质和情节，还可能面临其他如行政拘留、刑事追责等处罚。

三. 总结与建议

• 严格执法：对于“黑厂子”的违法行为，相关行政机关应严格执法，确保市场秩序和消费者权益。
• 企业自律：企业应自觉遵守法律法规，合法经营，避免成为“黑厂子”。
• 公众监督：公众也应积极参与监督，发现违法行为及时向相关部门举报。

我建议，如果您发现身边有“黑厂子”存在违法行为，应及时向相关行政机关举报，以维护市场秩序和您的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。